К главным трактатам Помпонацци относятся «О бессмертии души», «О причинах явлений природы», «О судьбе, свободе воли, предопределении и божественном предвидении».
В вопросе о бессмертии души следует выделить два аспекта: вопрос о познании и вопрос о морали. Поскольку познание, т.е. мышление, зависит от тела и душа ничего не испытывает без тела, то душа есть форма тела. Поэтому разум неотделим от тела, и душа материальна и смертна.
Человек находится посередине между нематериальными существами и животными. Он может познавать и частное, как животные, и общее, как нематериальные существа. Человек может стать и тем и другим — и ангелом, и животным. Но все же душа остается зависимой от тела и смертной. Преимуществом человека является не достижение бессмертия, как учат средневековая этика, философия и теология, но возможность достижения счастья и блаженства на основе рационального познания, что является целью и смыслом существования рода человеческого вообще.
Нравственность может быть только тогда нравственной, когда она ни на что не рассчитывает. Нравственность есть поступок добродетельный. Поэтому вера в бессмертие души не только не утверждает нравственность, а наоборот, отрицает ее, и Помпонацци, отрицая бессмертие души, считает, что утверждает высшую нравственность.
Этика Помпонацци — антропологическая и светски ориентированная — существенно отличается от христианского аскетизма.
В трактате «О судьбе, свободе воли, предопределении и, божественном предвидении» он выражает идею, что случайные события являются проявлением, общей необходимости, которая выступает как фатум, судьба. Человеческое поведение также определяется отношением причин и следствий. Человек может выбирать, но при этом его выбор обусловлен внешней объективной средой и собственной природой.
Зло также принадлежит к необходимости — борьба добра и зла выражает необходимую противоречивую гармонию мира.
