Генеральную прокуратуру РФ, как отмечено выше, возглавляет Генеральный прокурор РФ, который имеет первого заместителя и заместителей, назначаемых по его представлению Советом Федерации. Распределение обязанностей между заместителями осуществляется Генеральным прокурором РФ.
В Генеральной прокуратуре РФ образуются управления и отделы (на правах управлений, в составе управлений), начальники и заместители начальников которых назначаются на должность и освобождаются от нее Генеральным прокурором РФ и являются соответственно его старшими помощниками и помощниками. Генеральный прокурор имеет также помощников по особым поручениям. В управлениях и отделах есть старшие прокуроры и прокуроры, старшие прокуроры-криминалисты и прокуроры-криминалисты, старшие следователи по особо важным делам и следователи по особо важным делам и их помощники. Они, а также главный бухгалтер Генеральной прокуратуры назначаются на должность и освобождаются от нее Генеральным прокурором.
Систему Генеральной прокуратуры Российской Федерации составляют:
- Следственный комитет при прокуратуре Российской Федерации
- Прокуратуры субъектов Российской Федерации
- Прокуратуры городов и районов (и другие территориальные прокуратуры)
- Военная прокуратура
- Специализированные (транспортные, природоохранные и иные) прокуратуры
- Научные и учебные учреждения прокуратуры
- Редакции печатных изданий
Образование, реорганизация и упразднение органов и учреждений прокуратуры, определение их статуса и компетенции осуществляется Генеральным прокурором Российской Федерации. Генеральный прокурор Российской Федерации возглавляет Генеральную прокуратуру Российской Федерации, назначается на должность и освобождается от должности Советом Федерации по представлению Президента Российской Федерации. Заместители Генерального прокурора Российской Федерации (в том числе первый заместитель, Главный военный прокурор Российской Федерации, заместители Генерального прокурора Российской Федерации в федеральных округах) назначаются и освобождаются Советом Федерации по представлению Генерального прокурора Российской Федерации.
В структуру Генеральной прокуратуры Российской Федерации входят главные управления (в том числе по федеральным округам), управления, отделы, а также Главная военная прокуратура на правах структурного подразделения. Прокуроры субъектов возглавляют прокуратуры Российской Федерации и назначаются Генеральным прокурором Российской Федерации по согласованию с субъектами РФ (как правило, с их законодательными (представительными) органами). Иные прокуроры (возглавляющие территориальные и специализированные прокуратуры), а также директора (ректоры) научных и образовательных учреждений системы прокуратуры назначаются Генеральным прокурором Российской Федерации.
ФЗ «О прокуратуре РФ» предусмотрены следующие должности:
В Генеральной прокуратуре Российской Федерации:
- Генеральный прокурор
- Первый заместитель Генерального прокурора
- Заместитель Генерального прокурора
- Старший помощник Генерального прокурора (Начальники главных управлений, управлений, отделов на правах управлений, советники, старшие помощники и старшие помощники по особым поручениям)
- Помощник Генерального прокурора (Заместители начальников главных управлений, управлений, отделов на правах управлений, начальники отделов в составе управлений, помощники и помощники по особым поручениям, помощники по особым поручениям первого заместителя Генерального прокурора и заместителей Генерального прокурора)
- Старший прокурор и прокурор (В главных управлениях, управлениях и отделах)
Полномочия Генерального прокурора Российской Федерации, прокуроров субъектов Федерации, городов с районными делениями по руководству системой прокуратуры регламентированы ст.ст.17, Закона.
Так, согласно ст. 17 Закона Генеральный прокурор Российской Федерации обладает следующими полномочиями по руководству системой прокуратуры Российской Федерации:
1. Руководит системой прокуратуры Российской Федерации, издает обязательные для исполнения всеми работниками органов и учреждений прокуратуры приказы, указания, распоряжения, положения и инструкции, регулирующие вопросы организации деятельности системы прокуратуры Российской Федерации и порядок реализации мер материального и социального обеспечения указанных работников.
2. В пределах выделенной штатной численности и фонда оплаты труда устанавливает штаты и структуру Генеральной прокуратуры Российской Федерации, определяет полномочия структурных подразделений, устанавливает штатную численность и структуру подчиненных органов и учреждений прокуратуры.
3. Назначает на должность и освобождает от должности директоров (ректоров) научных и образовательных учреждений системы прокуратуры Российской Федерации и их заместителей.
При этом Генеральный прокурор Российской Федерации несет ответственность за выполнение задач, возложенных на органы прокуратуры федеральным законодательством.