При здійсненні розрахунків через СЕП використовуються рахунки двох типів:
- Кореспондентський рахунок, на якому обліковуються підсумкові обороти за день.
- Технічний рахунок, який є по суті інформацією в електронній формі,що зберігається у системі моніторингу технічних рахунків та поновлюється під час оброблення міжбанківських розрахункових документів і фактично відображає стан коррах. банківської установи або обороти філій ,що не мають коррах. ,на певний час.
Відображення операцій при здійсненні розрахунків через СЕП проводиться на балансових рахунках:
1200 «Кореспондентський рахунок у Національному банку України»;
1300 «Кореспондентський рахунок Національного банку України в банку».
Рахунок 1200 є активним і призначається для обліку коштів на кореспондентському рахунку банку, який відкрито в Національному банку України. За дебетом рахунка проводяться суми коштів, які надходять на користь комерційного банку, його клієнтів і кореспондентів. За кредитом рахунка проводяться суми коштів, які списуються за дорученням комерційного банку за власними операціями, за операціями клієнтів і кореспондентів, а також списання у безспірному (безакцептному) порядку згідно з чинним законодавством.
Рахунок 1300 є пасивним і призначається для обліку коштів Національного банку України на кореспондентському рахунку в комерційному банку. За кредитом рахунка проводяться суми, що надходять на користь Національного банку України та його клієнтів. За дебетом рахунка проводяться суми, що списуються комерційним банком згідно з дорученням Національного банку України за його власними операціями та за операціями клієнтів