На склонах некоторых котловин и в среднем течении реки Джиды выше степей располагаются сосновые или лиственнично-березовые лесостепи на выщелоченных черноземах и темно-серых лесных почвах. Наиболее высоко (до 1400 м) лесостепная растительность поднимается на южном склоне Малого Хамар-Дабана.
В горно-лесном поясе южной половины области господствуют лиственнично-сосновые, сосновые и южно-сибирские лиственничные леса, обычно негустые и с хорошо развитым травянисто-кустарниковым или кустарниковым покровом из даурского рододендрона и ольховника. В северных районах, где широко распространена вечная мерзлота, в лесах преобладает даурская лиственница. В более влажных местах — западной части Хамар-Дабана и в хребте Улан-Бургасы — на оподзоленных почвах растут кедрово-лиственничные и кедровые леса. Иногда они заболочены, и их подлесок состоит из густых зарослей круглолистной березки, а в напочвенном покрове преобладают багульник и голубика. Обильно увлажненные северные склоны Хамар-Дабана, а также западные склоны Байкальского и Баргузинского хребтов покрыты темнохвойной тайгой с преобладанием пихты и кедра, а местами, главным образом по речным долинам, ели. Под тайгой формируются маломощные щебнистые горно-подзолистые почвы, обладающие сравнительно хорошей структурой. Наземный покров образован здесь гипновыми мхами и тенелюбивым разнотравьем: майником, плауном, грушанками, кислицей (Oxalis acetosella).
В южных, более освоенных районах Прибайкалья хвойные леса нижней части пояса, как правило, вырублены, и на их месте возникли вторичные березовые и осиново-березовые леса. Вблизи верхней границы лесного пояса, проходящей на высоте от 1100— 1200 м на севере и до 1800—2000 м на крайнем юге области, тайга сильно редеет и сменяется своеобразным предгольцовым редколесьем, в котором группы низкорослых кедров чередуются с зарослями кедрового стланика, круглолистной березки и ольховника.
Гольцовый пояс характерен главным образом для высоких хребтов северной половины Прибайкалья и отдельных участков Хамар-Дабана. В нем господствуют дриадово-лишайниковые и кустарниковые горные тундры. Лишь в Баргузинском хребте и Хамар-Дабане, где климат менее континентальный и выпадает много осадков, на горно-луговых почвах встречаются субальпийские и альпийские луга.
Распределение почв и растительного покрова обнаруживает в Прибайкалье большую зависимость от экспозиции склонов. На обращенном к Байкалу северном склоне Хамар-Дабана выделяются: кедрово-пихтовая тайга (455—1550 м), подгольцовые кедровники (1550—1700 м), гольцы (выше 1700 м). На южном же склоне, спускающемся в сторону долины реки Джиды, выделяются: лесостепь (до высоты 1000—1100 м), лиственничная тайга (1000— 1300 м), кедрово-лиственничная и кедровая тайга (1300—1600 м), подгольцовые кедровники (1600—1800 м), гольцы (выше 1800 м).
Следует отметить существенное влияние Байкала на растительность побережий, сказывающееся в том, что степи здесь почти повсеместно вытеснены спускающимися непосредственно к Байкалу лесами, а на восточном берегу преобладает темнохвойная тайга. Охлаждающее воздействие вод Байкала столь велико, что на его берегах местами встречаются даже высокогорные растения: кедровый стланик, кашкара (Rhododendron aureum), бадан (Bergeniа crassifolia).
Природные ресурсы Прибайкалья изучены еще далеко не полностью. Из полезных ископаемых здесь добывают слюду (в окрестностях Слюдянки), золото (в бассейне Джиды) и строительные материалы. Имеются также месторождения железной руды (Балбагарское и Мухор-Горхонское), вольфрама (Джида), бурых углей, апатитов. В последние годы установлены признаки нефтеносности. Определенный интерес представляют также горячие источники: Горячинск и Аршан-Тункинский, вблизи которых построены санатории.
В лесах области заготовляют строевую древесину, кедровые орехи и пушнину, в том числе шкурки ценнейшего баргузинского соболя. Союзное значение имеет рыболовство на Байкале, где ежегодно вылавливается более 50 тыс. ц рыбы, главным образом бычков, сигов, омуля; здесь же существует регулярный промысел нерпы.
Сельскохозяйственные угодья занимают небольшие площади, преимущественно в степных межгорных котловинах — Тункинской, Торской и Баргузинской.