На климат котловины Байкала большее влияние оказывает водная поверхность озера, медленно остывающая осенью и долго нагревающаяся летом. Зима на его берегах на 6—10° теплее, чем в соседних районах Прибайкалья, а лето на берегу озера заметно прохладнее. В Иркутске средняя температура января —23,6°, а июля 17,2°; на станции же Байкал, расположенной на берегу озера всего в 60 км от Иркутска, соответственно —16,2° и 13,2°. Таким образом, водная масса озера смягчает континентальность климата побережья и создает условия, похожие на океанические. Самый теплый месяц на берегах озера — август, наиболее холодный — февраль. Как и в областях океанического климата, осень на Байкале гораздо теплее весны. Максимальные амплитуды среднемесячных температур здесь наименьшие в Сибири (около 30-35°).
Влияние Байкала, окруженного высокими горами, сказывается, однако, лишь на климате узкой полосы его побережья и наветренных западных склонов восточных хребтов Прибайкалья, где благодаря воздействию Байкала выпадает большое количество осадков (Танхой — 826 мм, Снежная — 1228 мм, Хамар-Дабан — 1309 мм), а мощность снежного покрова на западных склонах этих хребтов в два-три раза больше, чем на восточных.
Для климата котловины характерны местные ветры. Таков, например, северо-восточный ветер — «баргузин», юго-западный, или «култук», и северный — «ангара», или «верховик». Особенно большой известностью пользуется «сарма», дующий осенью и зимой (из долины реки Сарма) в средней части озера со скоростью до 40—50 м/сек. В это время на Байкале возникают бури, продолжающиеся иногда несколько дней.