Степная растительность на южных черноземах и каштановых почвах занимает значительные площади лишь в центральных участках Минусинской и Енисейско-Чулымской котловин. В окраинных районах этих котловин и на склонах низкогорных массивов злаковые степи сменяются остепненными лугами, разнотравными луговыми степями и перелесками из березы, сосны и лиственницы.
Особенно характерна для Саянской области лесная растительность, занимающая примерно 60% ее территории. На севере горные леса смыкаются с массивами сосново-лиственничных лесов Средней Сибири, на юге — с горной лиственничной тайгой Тувы, а на юго-западе — с черновой тайгой Алтая.
На западе, в нижней части горно-лесной зоны, на высоте 400—700 м располагаются вторичные леса из березы и осины или смешанные леса, в которых встречаются и хвойные породы: сосна, сибирская лиственница, ель и пихта. Под такими лесами формируются серые или светло-серые лесные оподзоленные почвы.
Выше 600—700 м начинается горная темнохвойная тайга, состоящая главным образом из пихты, кедра и ели. Густые и влажные темнохвойные саянские леса на светлых слабоподзолистых или горно-подзолистых, обычно щебнистых, почвах похожи на черневые леса Алтая и Кузнецкого Алатау. В них всюду развит сплошной моховой покров и встречается много общих с Алтаем травянистых растений. В виде примеси к хвойным породам произрастают береза, осина, черемуха. Восточнее верховьев реки Гутары, где осадков выпадает меньше, снежный покров не достигает большой мощности и распространена мерзлота, темнохвойная тайга сменяется лиственнично-кедровыми и кедрово-лиственничными лесами на маломощных подзолистых иллювиально-гумусовых почвах.
Вблизи верхнего предела лесной зоны, лежащего в Саянах на высоте от 1550—1600 м (на западе) до 1900—2100 м (на востоке), почти всюду господствует кедр, но на востоке нередко вместе с кедром к верхней границе древесной растительности поднимается также и лиственница. Почвы здесь перегнойно-торфянистые мерзлотные.
Растительность высокогорья в общем однообразнее, чем на Алтае. Субальпийские и альпийские луга занимают небольшие площади, обычно на хорошо прогреваемых южных склонах или в верховьях речных долин, и характеризуются обедненным флористическим составом и обилием в нем арктических видов. Заметно изменяются по сравнению с Алтаем и заросли субальпийских кустарников. Наряду с круглолистной березкой и низкорослыми ивами здесь появляются кустарниковая ольха, золотистый рододендрон (Rhododendron aureum), а в крайних восточных районах — кедровый стланик.
Плосковершинные хребты и нагорные плато Саян заняты горно-тундровой растительностью. На гумусово-иллювиальных оподзоленных и поверхностно-глеевых почвах слабо дренируемых участков располагаются кустарниковые и мохово-лишайниковые тундры, в которых встречаются и некоторые растения горных лугов: фиалки, горечавки, мытники, зубровка, лютик и др. Более крутые каменистые склоны заняты горными каменистыми тундрами. Широко распространены также лишайниковые тундры, которые служат прекрасными летними пастбищами для оленей.
