Самая крупная река области — Енисей. Вступая в Саяны ниже устья своего левого притока реки Хемчик, Енисей в узкой и глубокой долине пересекает хребты Западного Саяна; в Минусинской котловине он приобретает облик равнинной реки и, приняв здесь ряд крупных притоков (Абакан, Туба), вновь уходит в скалистые ущелья отрогов Восточного Саяна. При выходе реки из гор, несколько выше Красноярска, ширина ее более 1 км, а среднегодовой расход достигает почти 3000 м3/сек.
Енисей принадлежит к рекам восточносибирского типа и характеризуется сравнительно высоким весенним половодьем (уровень воды поднимается на 5—6 м), периодическими летне-осенними паводками и резким уменьшением стока в зимнее время (минимальный расход у Красноярска составляет всего 336 м3/сек). Из других крупных рек области можно отметить Кантегир, Казыр, Ману, Кан, Бирюсу, Оку, Китой и Иркут.