Повсюду отчетливо выражены зимние температурные инверсии, градиент которых иногда достигает 4—5° на 100 м. Средние температуры июля в межгорных понижениях от 17 до 21°, на высоте 1000—1200 м они равны 14—16°, а в высокогорье, где в любой месяц возможны заморозки и снегопады, понижаются до 8—10°. В связи с этим изменяются и среднегодовые температуры — от 0° в Минусинской котловине до —6, —8° в зоне высокогорья.
Большие различия наблюдаются также в условиях увлажнения области. Максимальное количество осадков получают северные склоны хребтов Западного Саяна и западные хребты Восточного Саяна, подверженные воздействию западных циклонов. Здесь на высоте 1000—2000 м выпадает в среднем 700— 800 мм осадков в год, но местами их сумма достигает 1000—1200 мм. На востоке заметно суше: районы Окинского плоскогорья и плато Нуху-Дабан получают всего 400—450 мм осадков.
Самые засушливые места — межгорные котловины, расположенные в «дождевой тени» (Минусинская, Усинская, Мондинская); они получают за год около 250—300 мм осадков и отличаются высокими летними температурами. Повсюду максимум осадков приходится на теплое время года. Особенно отчетливо он выражен на склонах южных хребтов в восточной половине Восточного Саяна, где летние осадки составляют до 70—80% годовых, а на долю зимних приходится всего 2—3%. В связи с этим мощность снежного покрова в восточных районах и Минусинской котловине невелика — от 6 до 20 см.