В Кузнецкой котловине преобладают выщелоченные и слабо-деградированные тучные суглинистые черноземы с хорошо выраженной зернистой структурой. Гумус накапливается главным образом в верхней части профиля; в связи с этим при средней мощности черноземных почв около 110 см мощность гумусового горизонта не превышает 45 см, но содержание гумуса в нем достигает 12—14%.
В окраинных районах котловины и на нижних частях склонов Салаира формируются темноцветные оподзоленные лесостепные почвы с высоким содержанием гумуса (8—10%) и слабокислой реакцией. Под горной черневой тайгой преобладают сильно оподзоленные светло-серые почвы. Верхняя часть их профиля имеет светлую окраску, а содержание гумуса в приповерхностном слое достигает 4—6%.
Помимо этих основных типов, в высокогорных районах встречаются участки со светлыми горно-луговыми почвами, а в речных долинах Кузнецкой котловины формируются лугово-болотные почвы, карбонатные солончаки и солонцы.