Большинство рек области начинается в горах и принадлежит к системе правых притоков Оби (Томь, Чулым, Чумыш, Иня, Бердь); только юго-восточная часть области относится к бассейну рек Лебедь (правый приток Бии) и Абакан (правый приток Енисея). Почти все реки отличаются быстрым течением и большой прозрачностыо воды. В горах они текут в узких скалистых ущельях со ступенчатым продольным профилем. По своему режиму реки относятся к алтайскому типу: у них преобладает снеговое (40—50%) и дождевое (30—40%) питание; до 75—80% годового стока приходится на весенние и летние месяцы, зимний же сток составляет только от 3 до 5% годового.
