По своему режиму реки области относятся, к алтайскому типу. Для них характерны смешанное питание, главным образом талыми снеговыми водами и летними дождями, длительное весенне-летнее половодье, объясняемое неодновременным таянием снежного покрова на разных высотах, и незначительные величины стока зимой. Большое значение в питании рек высокогорных районов Центрального и Южного Алтая имеют ледники, таяние которых поддерживает высокий уровень воды в течение всего лета. Для некоторых небольших рек (Чаган-Узун, Ак-Кем, Иедыгем) ледниковое питание составляет 50—60% их годового расхода.
Горные реки Алтая — важный источник гидроэнергии, запасы которой оцениваются почти в 13 млн. квт. Значительные уклоны русла, скальный грунт, чередование узких ущелий и расширенных участков-долин весьма благоприятны для строительства гидроэлектростанций.
В Горном Алтае насчитывается более 3500 озер, но только 75 из них имеют площадь свыше 1 км2. Среди озер преобладают каровые и моренно-подпрудные, а также водоемы, расположенные в понижениях рельефа донных морен четвертичных ледников. Наиболее крупные озера — Маркаколь (455 км2) и Телецкое (230 км2) — занимают тектонические котловины.
Телецкое озеро расположено среди высоких хребтов Северо-Восточного Алтая. Длина его — около 78 км, ширина — до 5 км, а максимальная глубина — 325 м. Узкая и глубокая котловина озера образовалась в результате тектонического опускания в межледниковое время; в период последнего оледенения ее склоны были обработаны гигантским Чулышманским ледником, целиком занимавшим котловину.
Чистая прозрачная вода Телецкого озера имеет изумрудно-голубой цвет. Температура ее даже летом редко поднимается выше 10°, что объясняется большой глубиной озера и сильными ветрами, которые способствуют перемешиванию теплых поверхностных и холодных глубинных вод. Озеро замерзает поздно, так как вызываемое осенними ветрами сильное волнение мешает образованию ледяного покрова; в некоторых местах озеро покрывается льдом не каждый год.
