Микрофлора полости рта насчитывает более 160 видов и локализуется в слюне, зубных бляшках, десневых карманах, кариозных полостях, на спинке языка (в слюне - до 1 млрд. в 1 мл, в десневых карманах - в 100 раз больше). Обилие микрофлоры объясняется постоянным контактом с внешней средой, богатством питательных субстратов, влажностью, оптимальной температурой и рН. Это создает благоприятные условия для адгезии, колонизации и размножения микробов.
Бактерии ротовой полости - Гр- и Гр- аэробные и анаэробные кокки и палочки без спор, спирохеты, актиномицеты, микоплазмы. Большую часть Гр+ кокков составляют зеленящие стрептококки, Гр+ палочек - лактобактерии и актиномицеты коринеформные бактерии, Гр-палочек - строгие анаэробы - бактероиды, вейлонеллы, нитевидные лептотрихии и веретенообразные фузобактерии (из факультативных анаэробов - гемофилы). Спирохеты ротовой полости представлены непатогенными трепонемами,лептоспирами и боррелиями. Многие представители индигенной микрофлоры имеют морфологическое сходство с возбудителями заболеваний (сифилиса, дифтерии, менингококковой инфекции, пневмоний), что затрудняет их диагностику. Дисбактсриоз ротовой полости характеризуется повышением концентрации грибов Candida или повторным обнаружением энтеробактерий, псевдомонад, неферментирующих Гр-бактерий, а также клостридий и бацилл.