Вопросы бюджетной поддержки сельского хозяйства России её регионов после вступления в ВТО приобрели особую актуальность, как с позиции ограничения общего объема, так и с позиции изменения направлений субсидирования. В настоящее время систему государственной поддержки аграрного сектора нужно выстраивать с учетом международных требований. Поскольку сельское хозяйство функционирует в сложных экономических условиях, она должна иметь определенную направленность: усиление инвестиционной активности в технико-технологическое переоснащение хозяйств, увеличение доли средств в бюджетах всех уровней, выделяемых на реализацию комплексных проектов по модернизации производства.
В настоящее время финансирование АПК в России носит адресованный характер, то есть субсидии предоставляются конкретным сельхозтоваропроизводителям. Основным направлением поддержки отрасли остаются субсидии из федерального бюджета, предоставляемые на развитие сельскохозяйственного производства по всем основным направлениям. Согласно требованиям ВТО, государственная поддержка отрасли должна быть сокращена равными долями с 9 млрд долл. в 2013г. до 4,4 млрд дол. в 2020 г. Правила ВТО, направленные на либерализацию поддержки аграрного сектора, предполагают не отмену поддержки как таковой, а лишь изменение ее структуры и направлений.