З січня 1605г. В. І. Шуйський призначено воєводою полку правої руки в поході проти Лжедмитрія і в битві під Добриничем здобув перемогу. Після падіння Годунова намагався здійснити переворот, проте був заарештований і засланий разом з братами. Але Лжедмитрій потребував боярської підтримки, і в кінці 1605 Шуйські повернулися до Москви.У ході народного повстання 17 травня 1606 Лжедмитрій I був убитий, а 19 травня група прихильників Василя Івановича «викликнули» Шуйського царем. Був коронований 1 червня Новгородським митрополитом Ісідором.Василь Іванович дав крестоцеловальну і запис, що обмежував його владу. На початку червня уряд Шуйського оголосило Бориса Годунова вбивцею царевича Дмитра.Прихід Шуйського до влади посилив боротьбу серед боярства і між південним і столичним дворянством, що призвело до повстання під керівництвом І. Болотникова. У боротьбі з ним Шуйський висунув програму консолідації всіх верств класу феодалів, враховуючи їх інтереси у політиці по селянському (Покладання 9 березня 1607р.), Холопський (укази 1607-1608 рр..), Земельного і фінансовому питань.Ставши царем, В. І. Шуйський висунув у патріархи казанського митрополита Гермогена, людини дивовижної долі та виключної стійкості, несамовитого прибічника православ'я. Гермоген виступив проти присяги російських бояр польському королю Сигізмунду III, закликав до повстання проти польських загарбників. Поляки заточили його в темниці Чудова монастиря у Кремлі, де він і помер голодною смертю.У 1606г. за розпорядженням В. І. Шуйського з м.Угліча до Москви були перенесені останки істинного Дмитра, сина Івана Грозного.При розтині труни виявилося, що останки за 15 років не зворушені тлінням. Мощі були визнані чудодійними, багатьох хворих зцілило один тільки дотик до труни. У тому ж році останки Бориса Годунова, його дружини і сина були пренесені у Троїце-Сергіївску лавру.
Шуйський придушив селянське повстання І.І. Болотникова (1606-1607гг).
Після поразки під Волховом (1 травня 1608г.), Уряд Шуйського було обложено в Москві. До кінця 1608г. багато районів країни опинилися під владою Лжедмитрія II. У лютому 1609г. уряд Шуйського уклало договір зі Швецією, де за наймання шведських військ поступалося частину російської території, що призвело до шведської інтервенції 1609-1617 років.З кінця 1608г. почалося стихійний народний рух проти польських інтервентів, очолив яку уряд Шуйського (в особі командувача російсько-шведською армією князя М. В. Скопина-Шуйського) зуміло тільки з кінця зими 1609г. До березня1610г. Москва і велика частина країни були звільнені. Але ще у вересні 1609г. почалася відкрита польська інтервенція.Поразка військ Дмитра Шуйського під Клушином від армії Сигізмунда III 24 червня 1610г. і повстання в Москві привели до падіння Шуйського. Слабкість В. І. Шуйського і його нездатність виправити ситуацію, призвели до того, що 17 липня 1610г. він був позбавлений влади боярами і насильно пострижений разом з дружи-ною. Так як в боярської середовищі не існувало кандидата на престол, який міг би влаштувати всіх (принаймні, більшість), було сформування боярський уряд, отримав назву «Семибоярщина».У Варшаві цар і його брати були представлені як бранці королю Сигізмун-ду. Колишній цар помер в ув'язненні в Гостинінський замку, в 130 верстах від Варшави, через кілька днів там же помер його брат Дмитро. Третій брат, Іван Іванович Шуйський, згодом повернувся до Росії.
