На втором этапе представления о материи связываются с общими признаками предметов, присущие всем известным веществам (Анаксимандр таким качеством считает неопределенное, вечное и бесконечное, всеобъемлющее и всеохватывающее, постоянно находящееся в движении первоначало – апейрон; Демокрит, таким качественным образованием считает мельчайшие неделимые и неизменимые частицы – атомы, которые движутся в пустоте, и, сочетаясь друг с другом образуют все разнообразие мира). Представления о материи как веществе т.е. совокупности неделимых частиц, обладающих постоянной массой, было подтверждено классической механики, которая открыла ряд физических свойств вещества, которое считалось единственной формой материи, и отождествление материи и вещества казалось вполне естественным. Но при таком подходе понятие материи являлось не всеобщим, не философским, а частнонаучным.
Третий этап в развитии знаний о материи связано с великими открытиями в физике конца XIX – начала XX веков. Отождествление материи с веществом сыграло немалую роль в возникновении кризиса в естествознании. Учение об атомном строении материи потерпело поражение Открытия электрона и явления радиоактивности показали, что атом, вопреки своему названию – это целый мир, построенный из более простых частиц. Значит, атом не является первокирпичиком материи, он распадается на более мелкие частицы. Была открыта новой формы материи – поле, и доказано, что частицы вещества (электрон и позитрон) превращаются в фотоны. Но поскольку материя отождествлялась с веществом, то факт превращения вещества в электромагнитное поле начало рассматриваться идеалистами как уничтожение материи (аннигиляция), а неприменимость механических законов для объяснения электромагнитного поля, радиоактивности и свойств электрона – как крушение материализма.