Основне завдання сучасної систематики — збудувати природну систему, тобто об’єднати філогенетично споріднені групи організмів на підставі даних палеозоології, генетики, біохімії та інших наук. Таким чином, основний критерій природної системи — еволюційна спорідненість особин, а не подібність їх зовнішніх ознак (як у штучній). Структурними одиницями системи є таксони — вид, рід, родина, ряд, порядок, клас, тип, царство. Усі таксони утворюють ієрархічну систему — кожний таксон включає таксони нижчого порядку: тип — класи, клас — ряди і т. д. Найвищим систематичним таксоном у системі живого світу вважається царство. Живих організмів групують у надцарство Прокаріоти і надцарство Еукаріоти. Прокаріоти представлені царством Дріб’янки, до яких належать бактерії і синьо-зелені водорості, що не мають клітинного ядра. До надцарства Еукаріот належать царства: Рослини, Гриби.