Зусилля фітофізіологіє повинні бути спрямовані на вирішення двох карди¬нальних проблем, які мають загальнобіологічне значення: рослинний організм як система, а та¬кож рослина як елемент системи (біогеоценозу). Розвиток цих нових підходів, як ніколи раніше, наблизив фізіологію рослин до вирішення завдань, пов’язаних з обгрунтуванням принципово нових технологій рослинництва.
На субклітинному та молекулярному рівнях на сучасному етапі головного зна¬чення набувають проблеми розкриття механізмів саморегуляції та інтеграції, які забезпечують цілісність рослинного організму, взаємозв'язок його і стійкість до умов навколишнього середови¬ща, високу кінцеву продуктивність. Перед фізіологією рослин постала проблема створення ре¬сурсозберігаючих рослинних організмів, в тому числі шляхом генетичної трансформації фотосинте¬тичного, імунного апарата їх та систем азотфіксації. Інтенсифікація рослинництва, розвиток аграрного сектора України стає провідним факто¬ром негативного впливу на біосферу, хімічного та біогенного, включаючи генетичне забруднен¬ня середовища. Тому потрібно знайти екологічно безпечні системи і технології на основі вивчення тонкої фармакології та біохімії рослин. На цій основі запропонувати різноманітні регулятори росту рослин та добрива, антистресові препарати нових поколінь та насамперед навчитися керувати вла¬сними ендогенними регуляторними системами рослин, уникаючи застосування зовнішніх (екзоген¬них) хімічних регуляторів.
. Фіто- гормонологія ставить питання про можливість управління процесами онтогенезу рослин, створю¬ючи шляхом спрямованого синтезу препарати, які впливають на ростову реакцію. Пізнання ендо¬генних механізмів гормональної регуляції має не лише теоретичне, а й принципово практичне значення, що тісно пов’язане із вирішенням проблеми продукційного процесу, стійкості рос¬линних організмів.
Сучасне зростання врожаїв супроводжується погіршенням їхньої якості (знижується білковість пшениць, цукристість коренів цукрового буряку, зростає забрудненість продукції рос¬линництва пестицидами, гербіцидами). Тому слід розробити фізіологічні основи управління якістю врожаю шляхом оптимізації та збалансованості процесів кореневого живлення та росту, фотосин¬тезу й накопичення господарсько цінних продуктів, в тому числі вторинних біосинтезів.