С конца XV века государство Чосон начинает ослабевать. На протяжении всего XVI века страну потрясали конфликты среди высшей знати и нашествия чжурчжэней, которые особенно усилились в 80-е годы.
С 1590 года Тоётоми Хидэёси добивался согласия Кореи на пропуск японских войск и участие в совместном походе против Китая. Правительство понимало, к чему всё идёт, но сопротивление оказать было не в состоянии.
В начале 1592 года верховный правитель Японии Хидэёси подготовил для вторжения в Корею 220-тысячную армию и флот в несколько сот кораблей и 9 тысяч человек экипажа. Началась имджинская война, названная по году (дракона) шестидесятилетнего цикла, который пришёлся на 1592 год. Весной 1592 года несколько групп отплыли к берегам Кореи. Первая группа (до 18 тыс. чел на 350 кораблях) 25.V.1592 взяла крепости Пусан и Тоннэ. Вторая группа (22 тыс. чел.) с южного побережья двинулась на север. Третья группа (11 тыс. чел.) высадилась в устье реки Нактонган и направилась к перевалу Чорён, где в ожесточённом бою разгромила высланное навстречу захватчикам конное войско прославленного своими победами над чжурчжэнями полководца Син Ипа. Поняв, что войско разгромлено, Син Ип покончил жизнь самоубийством. Вслед за этим высадилась основная группа численностью 80 тысяч человек.
Из-за плохой подготовки корейской армии японцы очень быстро продвигались по стране: уже через 20 дней был занят Сеул, корейские войска потерпели поражение у реки Имджинган и захватчики продвинулись далеко на север. Двор бежал на север, в город Ыйджу на берегу реки Амноккан, откуда послал минскому императору мольбу о помощи. Правители Мин не сразу решили оказать помощь Корее — при дворе императора Вань-ли сомневались, что это не провокация, так как военачальники и сановники никак не могли поверить, что на разгром Кореи японцам потребовалось всего несколько месяцев.
На северо-востоке японцы, разбив у Хэджончхан конный отряд Ли Гака (около 1000 воинов) — последнюю организованную силу на севере страны, дошли до рубежей провинции Хамгён, где их с восторгом приветствовали покоренные чжурчжэни, протестовавшие против политики насильственной кореизации. Они помогли японскому военачальнику Като Киёмаса захватить двух корейских принцев, направленных государем Сонджо для организации новой армии. Продолжение похода войск Като Киёмаса на территорию, где проживали неподконтрольные корейцам чжурчжэни, вызвало ожесточенное сопротивление местного населения. Японцы были блокированы, а затем с большими потерями были вынуждены отступить на корейскую территорию.
Пример провинции Хамгён был нетипичным — в целом, вторжение завоевателей вызвало волну народного протеста, которая переросла в широкомасштабную партизанскую войну. Одним из первых в провинции Кёнсан возник партизанский отряд Квак Чэу по прозвищу «богатырь (чангун) в красном одеянии». Однако правительства провинций Чолла и Чхунчхон не поддерживали партизан.
В организации отпора захватчикам исключительное значение имели блестящие победы корейского флота летом и осенью 1592 года. Командующий флотом Ли Сунсин (1545-1598), объединив морские силы всего южного побережья и используя вновь введённые в строй бронированные корабли-черепахи – «кобуксон», нанес ряд сокрушительных поражений численно превосходящему японскому флоту при острове Хансандо и при острове Ангольихо. В октябре был взят Кёнджу.
В ноябре 4-тысячный гарнизон во главе с Ким Симином отбил очередной штурм державшейся всё это время крепости Чинджу, которую штурмовали 30 тысяч японцев.
В конце 1592 года из Китая прибыл первый 50-тысячный отряд минских войск, потерпевший неудачу при попытке с ходу овладеть Пхеньяном. В феврале 1593 года китайцы перебросили в Корею большое войско под командованием тиду Ли Жусуна, который соединился с остатками корейцев и взял Пхеньян, двинувшись в сторону Сеула. Японцы отступили в район Пусана и Ульсана.
Поскольку японцы были полностью отрезаны от поддержки с моря, а войска подвергались постоянным атакам со стороны партизан, было принято решение о прекращении боевых действий. В середине 1593 года японцы согласились на переговоры с целью выиграть время для подготовки нового наступления.
Во время наступившего мира среди корейской элиты начали нарастать опасения насчёт влияния Ли Сунсина, который стал народным героем. В результате придворной борьбы он был обвинён в нарушении приказа, разжалован в матросы и посажен в тюрьму, где начал продумывать тактику для новой войны с японцами. После известий о том, что адмирал Ли находится в тюрьме, японцы начали вторжение в Корею.
Новым командующим морских сил стал один из членов взявшей верх при дворе группировки — адмирал Вон Гюн. В течение непродолжительного срока, во время которого Вон Гюн находился во главе флота, боеспособность его снизилась. В битве при Чхильчоннян японцы напали на неподготовленные к бою корейские корабли и добились полной победы — 157 кораблей из 169 было уничтожено, сам Вон Гюн убит в сражении, вместе с ним погиб талантливый сподвижник адмирала Ли Сунсина адмирал Ли Окки. Корейскому королю ничего не оставалось, кроме как призвать Ли Сунсина из тюрьмы.
Ли Сунсин собрал остатки флота южных провинций — всего 13 кораблей типа «паноксон». С их помощью он сотворил т. н. «чудо при Мённян», одержав победу над огромным японским флотом (называют цифру в 133 корабля и 200 судов обеспечения), имея в своём распоряжении 13 кораблей. Для этого Ли Сунсин удачно использовал особенности навигации у корейских берегов, знание течений, высоты приливов и отливов. Большая часть японских кораблей была завлечена в узкий пролив и разбита силой течения на прибрежных скалах. Корейцам осталось только добить потерявший боеспособность японский флот.
Несмотря на победы в сухопутных сражениях, после смерти Тоётоми Хидэёси дальнейшее продолжение войны стало для японцев бессмысленным, и к концу 1598 года японская экспедиционная армия была эвакуирована на родину. Ли Сунсин, соединив свой флот с минским флотом под командованием адмирала Чэнь Линя, атаковал отступающих японцев и одержал над ними крупную победу в бухте Норянчжин. Однако в конце боя Ли Сунсин был смертельно ранен шальной пулей. Он просил своего племянника Ли Буна скрыть свою смерть, чтобы не деморализовать союзников. Остатки японского флота ушли на Цусиму.
В начала XVII века японцы вели переговоры о мире, возвратили корейских военнопленных. Пусанский мирный договор возобновил торговлю и дипломатические отношения двух стран.
