Одним из военачальников османских войск, введённых в Египет для борьбы с французской оккупацией, был Мухаммед Али. При поддержке боснийских и албанских частей Мухаммед Али объединился с мамлюками в борьбе с османским губернатором Египта и вынудил его бежать из Каира. Затем ему удалось разобщить мамлюков и разгромить их. В 1805 году правительство Османской империи назначило Мухаммеда Али пашой Египта, в 1811 году он стал абсолютным правителем страны. Правда, он по-прежнему признавал себя вассалом Османов и ежегодно отправлял в Стамбул собранные налоги.
Мухаммед Али считается египтянами основателем современного Египта. С помощью европейских военных экспертов и технических специалистов Али реорганизовал египетскую армию по европейскому образцу, национализировал большую часть земель, принадлежавших мамлюкам, ввёл государственную монополию на производимые в стране основные продукты и товары и начал кампанию по выращиванию хлопка в дельте Нила. По его приказу были расчищены старые и построены новые оросительные каналы. Была введена система летнего орошения, что позволило выращивать 2–3 урожая в год.
С правлением Мухаммеда Али связаны усилия по становлению национальной промышленности. Был увеличен торговый и военный флот. Мухаммед Али внедрял в Египте достижения европейского научно-технического прогресса и открыл ряд технических школ европейского образца. В то же время он стремился не попасть в полную зависимость от Европы и остерегался делать крупные займы за рубежом.
Мухаммед Али вёл активную завоевательную политику. В период с 1811 по 1819 годы его армия предприняла ряд успешных походов против движения ваххабитов в Аравии. В 1821 году им была завоёвана территория Восточного Судана, в 1824 году египетские части принимали участие в подавлении антиосманского восстания в Греции, а в 1832 году его старший сын Ибрахим-паша разбил в Сирии войска Османской империи, вторгся в Малую Азию и вынудил османского султана присоединить Сирию к Египту. Вместе с тем процесс создания в Египте мощного и действительно независимого государства вызывал озабоченность не только Османской империи, но и основных европейских держав. Предпринятая ими в 1841 году совместная военная акция вынудила Мухаммеда Али вывести египетские войска из Сирии и отказаться от планов создания мощной армии и развитой промышленности. Однако османский султан подтвердил наследственное право династии Мухаммеда Али на управление Египтом.
После смерти в 1849 году Мухаммеда Али губернатором Египта стал его внук Аббас I,
