Після підписання Б. Хмельницьким Березневих статей Січ почала відокремлюватися від Гетьманщини й відігравати власну роль у політичному житті України. Уже за часів Руїни Запоріжжя відновило свої позиції, тут переховувалися опозиційні до гетьманської влади сили. Проте на самій Січі вже не було колишньої єдності – поступово тут виникло декілька політичних таборів: проросійський, орієнтований на Туреччину й Крим. Січ у період Руїни намагалася грати самостійну роль у політичному житті України. При І. Виговському Запоріжжя склало йому опозицію, а кошовий Я. Барабаш був одним із керівників повстання проти гетьмана. Січове козацтво на Правобережжі активно протидіяло політиці П. Дорошенка і підтримувало його суперників П. Суховія й М. Ханенка.Січ залишалася однією з головних сил для захисту України від набігів кримських татар.
Згідно з поділом України у 1667 р. внаслідок підписання Андрусівського миру Запоріжжя мало перебувати під спільним управлінням Росії та Польщі, але фактично визнавало верховенство тільки Росії, що й було закріплено «Вічним миром» у 1686 р. Внутрішній устрій Січі залишався незмінним. Та якщо Річ Посполита жодним чином не впливала на козацтво, то стосунки запорожців з Росією значно зміцніли. Незважаючи на всі зусилля Москви заручитися підтримкою Запоріжжя, козаки поступово змінювати свою орієнтацію, вони прагнули миру з турками й татарами, а натомість були налаштовані проти Москви.
