2 грудня 1991 роки ЄС прийняв рішення ввести економічні санкції проти Сербії і Чорногорії. 1 березня 1992 року в Чорногорії відбувся референдум, на якому за вступ до Югославії проголосувало 95,94 % учасників. 27 квітня 1992 року представники Чорногорії і Сербії проголосили продовження правового статусу СФРЮ в новій державі — Союзна Республіка Югославія.З 28 квітня 1992 по 4 лютого 2003 року Чорногорія — член федерації Мала Югославія (Союзна Республіка Югославія, СРЮ).З 4 лютого 2003 по 3 червня 2006 року Чорногорія — член конфедеративного союзу Сербія і Чорногорія (Державний Союз Сербії і Чорногорії, ДССЧ).4 лютого 2003 року Союзна Республіка Югославія припинила існування. На її місці з'явилося державне співтовариство Сербія і Чорногорія. 21 травня 2006 року на референдумі 55,5 % населення Чорногорії проголосувало за незалежність республіки. 3 червня парламент Чорногорії проголосив незалежність. 15 червня 2006 року Сербія визнала незалежність Чорногорії. Кількома днями пізніше Чорногорія стала членом ОБСЄ і ООН.10 вересня 2006 року в країні пройшли перші після здобуття незалежності парламентські вибори, на яких перемогла ДПСЧ і СДПЧ (правляча коаліція) — 41 місце.:6 квітня 2008 року пройшли перші після здобуття незалежності президентські вибори, на яких переміг Філіп Вуянович — 51,9 % (Демократична партія соціалістів).У грудні 2008 року Чорногорія подала заявку на вступ в Євросоюз.У вересні 2015 року в Подгориці почалися масові протести проти вступу Чорногорії в НАТО, населення Чорногорії в питанні про вступ країни в НАТО поділено майже навпіл.В кінці 2015 року Чорногорія була запрошена розпочати переговори про вступ до альянсу НАТО. У травні 2016 року міністрами закордонних справ 28-и країн-членів НАТО був підписаний протокол про вступ Чорногорії до альянсу, що дало країні статус спостерігача в Північноатлантичній раді. Плани входження Чорногорії в НАТО, а також передбачуваний вступ в НАТО Боснії і Герцеговини, викликали негативну реакцію з боку російського керівництва.16 жовтня 2016 року відбулося голосування в рамках виборів в Скупщини, за результатами якого чотири опозиційні партії сукупно отримали 39 з 81 місця в скупщині; більшість мандатів отримала Демократична партія соціалістів прем'єра Міло Джукановича. Опозиція почала бойкот роботи парламенту. Влада заявила про що мала місце спробі державного перевороту, намічався на день виборів, до якого, як було заявлено, була нібито причетна Росія. МЗС РФ спростувало це і підкреслило те, що «ні по одному з цих голослівних звинувачень жодного факту нам пред'явлено не було».
