05.10.1938 Бенеш пішов у відставку з посади президента, виїхав до Лондону, згодом до Чикаго. 18.07.1939 він приїхав до Лондона. Спершу уряд – ЧС комітет національного визволення - було утворено в Парижі 13.10.1939. Його визнала Франція, Британія. Складався з 8 осіб, головою став Бенеш, заступником – Шрамек. Після окупації Фр комітет переніс свою діяльність до Лондона. Британці визнали комітет законним «Чехословацьким тимчасовим урядом у вигнанні». Коли в листопаді 1940 р. розпочалися бомбардування Лондона, уряд було переведено в абатство в містечку Естон Ебботс в графстві Бакінгемшир, де він і перебував до кінця війни. 07 липня 1940 створено Чехословацький уряд у вигнанні, визнаний 21.07.1940 Британією. Проте тут були три проблеми: уряд визнавався як тимчасовий; до мюнхенські кордони не гарантувалися; спадкоємність з Першою ЧС республікою не стверджувалася. Вищим же органом влади стала ЧС державна рада, очолювана Бенешем, вона мала виконувати функції законод влади. У липні 1941 р. уряд визнав СРСР; США обмежилися тимчасовим визнанням. 16.12.1941 чехословацький уряд оголосив себе у стані війни з усіма ворогами Британії, США та СРСР. 25.жовтня 1940 з урядом Британії було укладено угоду про формування чс збройних частин. 10.12.1940 британський уряд надав чс 7.5 млн фунтів на формування армії.Іншим центром еміграції був Париж. Мілан Годжа запропонував власний проект перебудови чс на федеральних засадах, що передбачав би визнання словаків окремою нацією. 22.09.1938 він подав у відставку з посади голови уряду та виїхав до Швейцарії, а наступного року – до Парижа. У жовтні 1939 р. він став співавтором меморандуму про ситуацію в Словаччині всередині ЧС держави, де засуджував утворення Словацької республіки, а 22 листопада 1939 р. заснував у Парижі Словацьку національну раду - верховний орган словацького опору. Британський уряд погодився визнати уряд Бенеша за умови єдності сил і включення до нього Годжі. З листопада 1940 р. існував єдиний чс уряд у вигнанні. В січні 1941 р. утворено чс-польський координаційний комітет. З перемогами на СРСР на Східному фронті Бенеш одержав більше можливостей для висловлення своєї істинної позиції.Було підписано т. зв. «Бенешеві декрети, які передбачали: конфіскацію майна «німців, угорців, зрадників і колаборантів, та створення з конфіскованого майна Фонду нац відродження; заселення звільнених від німців і угорців земель чехами, словаками чи «іншими слов’янами»; позбавлення громадянства чс німців і угорців; заборона іноземним громадянам володіти майном у ЧС. У декретах прямо не говорилося про депортацію німців і угорців, але вона передбачалася; у 1945-7 рр. депортовано понад 3 млн. 30.06.1943 уряд офіційно заявив, що ЧС залишиться унітарною державою; Бенеш погоджувався лише здійснити деяку децентралізацію. Бенеш встановив тісні зв’язки з СРСР; 12.12.1943 в Москві Бенешем та Сталіним було підписано угоду про мир і союз між Чехословаччиною та СРСР на 20 років (ратифікований Москвою 16.12). Мюнхенська угода втрачала чинність; мало відбутися з’єднання усіх чехословацьких 17.03.1945 еміграційний уряд переїхав до Москви. 10-16 травня чехословацький уряд повернувся до Праги.Напруженість між ЧС та СРСР виникла лише в питанні Закарпаття. лише 29.06.1945 було укладено угоду про входження Закарпаття до УРСР.
