Стихійний спротив громадян Чехословаччини німецькій окупації і створення перших підпільних організацій на території Чехословаччини і за її межами почалося незабаром після німецької окупації Чехословаччини. Так, 28 жовтня 1939 року, в 21-ту річницю проголошення незалежності Чехословаччини у 1918 році, в Празі, Брно, Остраві, Кладно відбулися виступи проти окупації, які були придушені. Німецькі війська відкрили вогонь по демонстрантах. 15 листопада 1939 помер поранений 28 жовтня студент-медик Яна Оплетала, його смерть викликала студентські демонстрації. У відповідь окупаційна влада почала масові арешти — були заарештовані політики, громадські діячі, 1800 студентів і викладачів. 17 листопада всі університети і коледжі в протектораті були закриті, дев'ять студентських лідерів страчені, сотні людей були відправлені в концтабори. Антифашистський опір у Чехословаччині мав різні форми, поширення набули форми пасивного опору (бойкот, невиконання розпоряджень окупаційної адміністрації), а також страйки, антифашистська пропаганда і саботаж (зокрема, випуск некондиційної військової продукції).
тільки протягом 1939 року на території Чехословаччини пройшли 25 страйків на 31 промисловому підприємстві;
20 липня 1941 в ході боїв за місто Тюрі було відмічено, що багато мін, випущені німецькими військами, не вибухають. При їх вивченні було встановлено що замість вибухівки міни були заповнені піском; в одній з мін була записка «допомагаємо, чим можемо», написана чехословацькими робітниками.
У листопаді 1939 року в результаті серії арештів німецькі спецслужби розгромили «Політичний центр» — підпільну організацію, яка об'єднувала прихильників Е. Бенеша. Разом із тим, рух опору до 1945 року не набував серйозного поширення поза окремими колами чеської інтелігенції, студентства і відстороненої від керівництва протекторатом політичної еліти. 2 червня у Празі зібралась 65-тисячна маніфестація чесько-німецької солідарност, Безумовно, що ця маніфестація була організована саме німецькою протекторською адміністрацією. Однак, сам обсяг людей, настрої, які охопили Староміську площу Праги 2 червня 1942 року, свідчили про те, що чехи відверто не бажали розгортання насилля в країні.
