Першим етапом ліквідації незалеж ЧС стала анексія Судетської обл, здійснена з 1 по 10 жовтня 1938 року відповідно до Мюнхенських угод між ВБ, ФР, Нім та Іт. 21 вересня 1938 року, у розпал Судетської кризи, Польща поставила ЧС ультиматум про «повернення» їм Тешинської області, де проживало 80 тисяч поляків і 120 тисяч чехів. 30 вересня 1938 року, у день підписання Мюнхенської угоди, Польща направила Празі черговий ультиматум і одночасно з німецькими військами ввела свою армію в Тешинську область. Територія ЧС скоротилася на 38 %, країна перетворилася на вузьку і довгу, дуже вразливу державу, що стала протекторатом Німеччини. Німецькі війська опинилися за 30 км від Праги. Крім того, 3 грудня 1938 року був укладений секретний договір з ЧС, згідно з яким вона не могла «тримати укріплення і загородження на кордоні з Німеччиною». Доля решти території країни, таким чином, була вирішена.14 березня 1939 року Гітлер викликав чс президента Еміля Гаху в Берлін і запропонував йому прийняти нім протекторат. Гаха погодився на це і нім армія увійшла в країну практично без будь-якого опору. Єдину спробу організованої збройної відсічі зробила рота капітана Карела Павлика в місті Містек. 14 березня 1939 Словаччина на чолі з Й Тисо стала незалеж державою, Підкарпатська Русь була окупована Угорщиною.15 березня 1939 особистим указом Гітлера Богемія і Моравія були оголошені протекторатом Нім. Головою виконавчої влади протекторату був призначуваний фюрером рейхспротектор. Існував також формальний пост президента протекторату, який все його існування займав Еміль Гаха. Особовий склад відділів, аналогічних міністерствам, був укомплектований посадовими особами з Німеччини. Євреї були вигнані з державної служби. Політичні партії були заборонені, багато лідерів ЧС перебралися в Радянський Союз.В еміграції у Лондоні з початком Другої світової війни Е. Бенеш створив уряд ЧС у вигнанні, яке користувалося підтримкою антигітлерівської коаліції . Населення Чехії і Моравії було мобілізовано як робочу силу, яка повинна була працювати на перемогу Німеччини. Для управління промисловістю були організовані спеціальні управління. Чехи були зобов'язані працювати на вугільних шахтах, в металургії і на виробництві озброєнь; частина молоді була відправлена до Нім. У перші місяці окупації німецьке правління було відносно помірним. Дії гестапо були спрямовані переважно проти чеських політиків та інтелігенції. Тим не менш, за первісним задумом нацистів, чехів слід було асимілювати.Восени 1941 року всі чеські культурні установи були закриті. В загальному до кінця 1941 року на примусові роботи до Нім було вивезено 200 тис. жителів «протекторату Богемії і Моравії» і 100 тис. жителів Слов; було ліквідовано довоєнне трудове законодавство, а тривалість трудового дня — підвищена до 10-12 годин; на селян були покладені обов'язки щодо постачання сгпрод.Було організовано заслання євреїв до концтаборів, у м Терезін було організовано гетто. У 1943 році близько 350 000 чеських робітників були депортовані до Німеччини. При цьому за наказом Гітлера в жовтні 1943 р. німецька влада відмовилася від будь-якого застосування чеських чиновників на державній службі. В межах протекторату вся невійськова промисловість була заборонена. Більшість чехів підкорилися і лише в останні місяці війни активізували рух опору.
