Одним з командирів підрозділи османських військ, введених у Єгипет для боротьби з французької окупацією, був Мухаммед Алі (1769–1849), уродженець фракийского міста Кавалла, у минулому торговець тютюном. За підтримки боснійських і албанських частин Мухаммед Алі об'єднався з мамелюками боротьби з османським губернатором Єгипту й змусив його втекти з Каїра. Потім йому вдалося роз'єднати Збройні сили мамлюків і витіснити в пустелю. У 1805 уряд Османської імперії призначило Мухаммеда Алі пашею Єгипту, що у 1811 став абсолютним правителем країни. Щоправда, він як і визнавав себе васалом Османів та щороку відправляв до Стамбула зібрані податки.
Эпоха правління Мухаммеда Алі, що тривала до 1849, – одне з найважливіших періодів історія Єгипту. Мухаммед Алі, яскрава політична постать 19 в., шанується єгиптянами як засновник сучасного Єгипту. З допомогою європейських військових експертів і технічних фахівців Алі реорганізував єгипетську армію за європейським зразком, націоналізував бóльшую частина земель, належали мамлюкам, ввів державну монополію на вироблених у країні продукти і товари та почав кампанію із вирощування бавовни в дельті Ніла. За наказом були розчищені давні листи й споруджено нові зрошувальні канали. Введено система літнього зрошення, що дозволило єгипетським селянам (фелахам) вирощувати 2–3 урожаї.
Благодаря успішної боротьби з епідемічними хворобами і поліпшення умов праці сільському господарстві її до середини 19 в. збільшилося до 4,5 млн. людина. З введенням у лад великого каналу Эль-Махмудия транспортні потоки по Нілу пішли через Олександрію, стимулювавши швидке зростання міста, число жителів якого удесятерилось проти 1805 й сягнуло свого 150 тис. чоловік у 1847.
Со часом правління Мухаммеда Алі пов'язано становлення національної промисловості: були побудовано текстильні і олійницькі фабрики, металургійні, скляні, цукрові заводи, судноверфі, підприємства з виробництва холодної та вогнепальної зброї. Був розширено торговий флот і військовий флот. Щоправда, пізніше виробництво було припинено через нестачу сировини й палива на Єгипті. Крім того, уряд Великобританії не допустило запровадження тарифів, які можуть б сприяти єгипетським товаровиробникам вистояти в конкурентної боротьби з англійським імпортом. Мухаммед Алі впроваджував в Єгипті досягнення європейського науково-технічного прогресу і відкрила низка технічних шкіл європейського зразка. У той самий короткий час він прагнув не потрапити до повну залежність від Європи та остерігався робити великі позики.
Завоевательная політика Мухаммеда Алі наклала відбиток в розвитку всього мусульманського світу. У період із 1811 по 1819 його армія зробила низку успішних походів проти руху ваххабітів в Аравії. У 1821 їм була завойована територія Східного Судану, в 1824 єгипетські збройні частини брали участь у придушенні антиосманского повстання на Греції, а 1832 прославлений син правителя Єгипту Ибрахим-паша (1789–1848) розбив у сучасній Сирії війська Османської імперії, вторгся в Малу Азію й змусив османського султана віддати Сирію. До 1833 під владою Мухаммеда Алі перебувала величезна територія, простиравшаяся від сучасного Судану до Тавра (у Туреччині). Разом про те процес створення Єгипті потужного банку й справді незалежної держави викликав занепокоєність як Османської імперії, але та деяких менших європейських держав, побоювалися порушення балансу сил на Близькому Сході. Плани створення цьому регіоні зони свого впливу виношувала Франція, не приховувала свою зацікавленість та Велика Британія, стурбована збереженням безпеки життєво важливих комунікацій шляху до Індію. Розпочата в 1841 спільна збройна акція європейських і Османської імперії змусила Мухаммеда Алі вивести єгипетські війська з Сирії та прийняти такі умови капітуляції, які означали його відмови від претензій створення сильного єгипетського держав з потужну армію і розвиненою промисловістю. З свого боку османський султан підтвердив спадкове право династії Мухаммеда Алі управління Єгиптом.
