З 1720 р. починається розпад імперії. У цьому році, за султана Мухамед Шаху намісник Декана Нізам-уль-Мульк ( 1720 - 1748) утворює свою незалежну державу. Його прикладу послідував намісник Ауда, зробився з простого перського купця візиром, а потім першим наваба аудскім, під ім'ям наваба Візира аудского (1732-1743).
Маратхі наклали данину на всю Південну Індію, прорвалися крізь східну Індію на північ і змусили у Мухамеда Шаха поступку Мальви (1743), а у його сина і наступника Ахмеда Шаха (1748-1754) відняли Оріссу і отримали право данини з Бенгалу (1751).
До внутрішніх розбратів приєдналися нападу ззовні. В 1739 р. перський Надир-шах зробив набіг на Індію. Після взяття Делі і 58-денного грабежу міста, перси повернулися додому через північно-західні проходи з видобутком, оціненої у 32 мільйони фунтів стерлінгів.
За персами пішли афганці, кілька разів вриваються до Індії під проводом Ахмеда Шаха Дурані і поверталися після страшних звірств з багатою здобиччю.
Кабул, останнє афганське володіння Моголів, було відібрано у них ще в 1738; цілі області були спустошені афганцями, а їхнє населення вирізане або забрано в рабство. В 1754 султан Ахмед Шах був позбавлений влади, і його місце зайняв Аламгір II, який скоро був убитий ( 1759) своїм першим міністром Газі Еддін.
У цей період все більш важливу роль у справах Могольської імперії грає Британська Ост-Індська компанія. Падишаха періодично намагалися боротися з англійцями, але врешті-решт схилилися до союзу з Компанією проти ворожих їм феодалів.
У цьому ж році маратхі заволоділи Північною Індією і взяли місто Делі. В 1761 між ними і афганцями з Ахмедом Шахом Дурані на чолі відбувається третя битва при Паніпаті, в якій залишаються переможцями афганці. Тим не менш, мусульмани вже не можуть утримати панування над Індією, яке дістається маратхі. Номінальним імператором Делі після смерті Аламгіра II був Шах Алам II.
У 80-і рр.. XVIII ст. Центральна Індія стала ареною війни між мусульманськими і маратхських феодалами за панування над землями Могольської імперії. В 1789 перемогли маратхі, формально відновили владу Великих Моголів, але фактично самі стали господарями на землях колишньої імперії, включаючи Делі.
В 1803, в ході 2-й англо-маратхськом війни Делі захопили війська Ост-Індської компанії. Старий Шах-Алам остаточно визнав владу англійців. 23 травня 1805 р. падишахові було призначено постійне утримання - 120 тисяч фунтів стерлінгів. З цього часу він перестав бути сюзереном і не управляв навіть тими територіями, з яких отримував доходи. У розпорядженні Шах-Алам залишився тільки Червоний форт в Делі. За його стінами управління містом і околицями знаходилося в руках англійського резидента. У наступному році Шах-Алам помер. Його син Акбар II і онук Бахадур-шах II хоч і носили титул падишахів, але не мали ніякої реальної влади і проводили час у суспільстві наложниць, придворних поетів і музикантів.
На 62-му році життя Бахадур-шаха судилося зіграти помітну роль в ході Індійського народного повстання 1857-1858 рр.. 11 травня 1857 р. повсталі сипаї зайняли Делі і змусили Бахадур-шаха підписати відозву, в якій падишах повідомляв про відновлення імперської влади і закликав всіх індусів об'єднатися для боротьби за батьківщину і віру. Таким чином, волею повсталих безпомічний, слабкий духом і тілом старець був поставлений на чолі антианглійського повстання.
У вересні 1858 р. англійські війська штурмом взяли Делі, Бахадур-шах здався в полон. Англійці оголосили про ліквідацію Могольської імперії. Бахадур-шах, засуджений англійським судом до заслання, помер у 1862 р. в Рангуні
На цьому історія Імперії Великих Моголів остаточно завершилася.
