У наступні роки тиск великих держав на Японію посилився, що призвело до втрати провідних позицій сегуном та його прибічниками і зростання масового невдоволення населення країни. Цим скористалися найбільш розвинені південно-західні князівства, які заявили про необхідність повернення влади імператора.
У 1863 р. сегун був змушений зустрітися з імператором в Кіото і погодитися санкціонувати його указ «про вигнання варварів», тобто європейців. Проте уряд сегуна не бажав розгортати боротьбу проти іноземців, які дедалі частіше у відносинах з Японією застосовували військову силу. Вбачаючи в сегунському уряді свого союзника, англійці та французи надавали йому фінансову допомогу, постачали зброю та направляли офіцерів для підготовки японських військ. Це дозволило сегуну розпочати військові дії в 1862-1864 рр. з опозиційним центром - князівством Тесю - та одержати перемогу. Проте це була короткочасна перемога. Народне невдоволення зростало, і передові князівства очолили антисегунський рух.
Муцухіто (1852-1912) - японський імператор з 1867 р. Період правління Муцухіто з 1868 р. називався «Мейдзі». Був першим імператором Японії після повалення Сегунату протягом періоду «Мейдзі». Під час його правління було проведено ліберально-демократичні реформи, прийнято Конституцію 1889 р.
У 1867 р. на імператорський престол вступив п'ятнадцятирічний Муцухіто, від імені якого фактично діяли опозиційні князівства. У кінці року представники опозиції вручили сегуну меморандум з вимогою повернути владу імператору, незаконно захоплену родом Токугава. Враховуючи співвідношення сил, сегун був змушений прийняти цю вимогу, але став готуватися до збройної боротьби, яка розпочалася невдовзі.
Однак уже в січні 1868 р. війська сегуна були розбиті поблизу Кіото. У лютому капітулювала сегунська столиця Едо. Боротьба тривала ще декілька місяців, після чого Се-гунат остаточно припинив своє існування. Антисегунська коаліція перемогла завдяки підтримці селян та ремісників.
