Особливу увагу влада сьогунату приділяли контролю над селянством.
В основному внутрішня політика влади по відношенню до аграрному населенню полягала в наступному: послідовне посилення податкового гніту і широке втручання в господарство і побут селянської громади за допомогою складної системи адміністративних регламентації. Ці регламентації поширювалися на всі сторони життя селян. Насамперед їм було заборонено мати (зберігати або ховати) зброю. Селянам заборонялося вживати в їжу рис (їх основною їжею в той час було просо), оголошений розкішшю. Їм заборонялося носити шовковий або полотняний одяг, вони могли шити одяг лише з бавовняної тканини. Суттєвою особливістю токугавского режиму було його прагнення повсюдно впровадити систему заложні-пра або кругової поруки для забезпечення безперебійного надходження податків і здійснення жорсткого контролю влади. Урядовці призначали сільського старосту і його помічників, що відали певною групою дворів (двадцять п'ять чи п'ятдесят залежно від місцевих умов), і все повинності накладалися на громаду в цілому - для колективної відповідальності за їх виконання. Староста і його помічники підбиралися зазвичай із заможних селян. Багато хто з них, обходячи існуючі обмеження закону, експлуатували незаможних со-общинників, позичаючи їх рисом для сплати оброку, а потім забирали у них урожай і навіть землю. Основна маса селян обробляла ділянки площею від 0,36 до 0,45 га, що давали в середньому врожай 640-800 кг рису. Панівною формою феодальної ренти був натуральний оброк, і, завдяки цьому, для багатих селян існувала можливість деякого накопичення і закабалення бідноти.
Таким чином, в селі, задавленою важким феодальним гнітом і приреченою на політичне безправ'я, відбувалися внутрішні процеси, які підривали принцип незмінності феодальних порядків, покладений в основу феодального режиму і всієї його політики.
Положення інших верств населення, які не належать до пануючого феодального класу, юридично було не менше безправно, ніж становище селянства. Але на ділі економічна сила торгової буржуазії забезпечувала за нею зростаючий політичний вплив.
Центрами торгової буржуазії були великі міста, в першу чергу, Едо і Осака. У столиці Едо великі торгові фірми найбільшою мірою залежали від уряду. Це було одночасно джерелом їх сили і слабкості. Сили, тому що ці торгові фірми зав'язали міцні зв'язки зі столичною адміністрацією і стали необхідним для неї постачальників і кредитором, а слабкість полягала в тому, що, залежна від уряду, едрская буржуазія не відрізнялася ні ініціативою, ні прагненням до розширення своїх політичних прав.
Інша картина була в м. Осака, зберігала з XVI століття деякі традиції вільного міста. У Новий час, протягом XVII-XVIII ст. Осака став оплотом більш самостійного купецтва, готового відстоювати свої права і привілеї. Незабаром Осака став головним центром комерційної діяльності в країні. Там знаходилися найбільш потужні купецькі об'єднання та основні склади товарів. Вони належали не тільки купцям, але і феодальним князям, звозили в Осака всю товарну продукцію своїх частин: рис, шовк, лаковані вироби, папір і т.д. Хоча в цей час основним мірилом цінності залишався рис, гроші теж отримали значне поширення. Князі, так само як і пересічні самураї, прагнули перетворити на гроші частину своїх доходів. У силу цього особливо важливого значення набули операції Осакському скупників рису - оптовиків, вручається дворянам гроші за відібраний ними у селян рис. Цим вони позбавляли благородне самурайство від всяких клопотів, принизливих з погляду феодального кодексу честі.
Важливою привілеєм купців, що збереглася ще від попереднього історичного періоду, було право об'єднуватися в гільдії, визнане за ними урядом. Але найбільшим впливом користувалися купецькі організації, що складаються з купців, що торгували однаковими видами товарів або діяли в одному районі. І якщо стосовно ремісничих цехів уряд здійснював жорстокі форми контролю і втручання, то по відношенню до впливових купецьким гильдиям воно допускало ряд пільг і в усякому разі остерігатися вступати в конфлікт з організованими купцями, від яких залежало отримання кредиту.
Положення ремісників та інших городян було незрівнянно гірше, ніж становище купецтва. Ремісники були організовані в особливі цехи (дза), побудовані на засадах монополії виробництва, спадковості ремесла і внутрішньої ієрархічної структури (майстер - підмайстер - учень). Уряд суворо регламентувала діяльність цехів і обкладав ремісників важкими податками.
По відношенню до них регламентації діяли повністю, без вилучень. Урядовці вважали себе повними господарями над городянами і дозволяли собі будь-які беззаконня. До городянам належала також прошарок осіб інтелігентного праці: вчителів, лікарів, художників. Головним чином вони були вихідцями з феодального класу. У цей час саме до них став застосовуватися старовинний термін «Ронін». У період Токугава так стали називати самураїв, які втратили васальну зв'язок зі своїми князями і по суті позбулися станової приналежності. Ці нижчі верстви самурайського стану були готові взяти участь у будь-якому антиурядовій виступі. Вони брали участь у селянських і міських повстаннях, ставали піратами, а якась частина спрямовувалася в міста і з часом набувала професію. Таким чином, зростала чисельність нових груп середніх верств міського суспільства, попередників інтелігенції. Ронін, що стали частиною цієї міської прошарку, спочатку були противниками сьогунату. До того ж їх основним замовником і клієнтом була міська буржуазія. Тому Ронін підтримували претензії буржуазії на самостійну політичну роль у суспільстві, самоврядування міст і т.д.
Токугава розділили всі дворянство на кілька розрядів. Кіотську знати, тобто імператорську сім'ю і їх найближчих родичів, виділили в особливу групу - «Куге». Куге номінально становили найвищий ранг серед феодального дворянства Імператор не повинен був «зглянутися» до спілкування зі своїми підданими, особливо князями. Всяка спроба князів встановити зв'язок з імператором каралася смертю і конфіскацією земельних володінь. Фактично двір і аристократія - Куге - були ізольовані від японського суспільства.
Всі інші феодальні клани носили назву «буке» (військові будинки). Можновладні князі (дайме), у свою чергу, ділилися на три категорії: перша належала до будинку сьогуна і називалася Синхай; друга - фудай - включала в себе князівські прізвища, здавна пов'язані з будинком Токугава, залежні від нього у військовому або економічному відношенні і тому , які були його головною опорою (вони займали пости членів ради, намісників і т.д.), і, нарешті, третя категорія - тодзама-складалася з можновладних князів незалежних від будинку Токугава і вважали себе рівними йому феодальними прізвищами. Тодзама користувалися величезною, майже необмеженою владою у своїх володіннях, як, наприклад, князі Сімадзу в Сацума або князі Морі у Тьосю. Сьогунат бачив у них своїх недоброзичливців, можливих суперників і всілякими способами намагався підірвати їх міць і вплив, застосовуючи стару політику «розділяй і володарюй». По відношенню до них також існували регламентації. Вони не могли займати урядових поса
Винятковою мірою тиску на категорію тодзама (як і на всіх дайме) була система заручництва (сан-кінкодай). Усі феодальні князі були зобов'язані через рік бувати в Едо, при дворі сьогуна, і жити там зі свитою та сім'єю, з запропонованим церемоніалом блиском і пишністю. Після року перебування при дворі сьогуна дайм виїжджали, але повинні були залишати в Едо як заручників дружину і дітей. Таким чином, всяке непокору сьогуну тягло за собою репресії, в тому числі і щодо заручників.
У межах свого феодального володіння князь був майже необмеженим господарем. Вони не виплачували сьогунату спеціальних податків, не рахуючи так званих подарунків Сьогун. Правда, уряд оголошував, що зберігає за собою (від імені імператора) верховний контроль над усіма земельними володіннями і тому має право віднімати у всіх феодальних князів володіння, перерозподіляти їх і нагороджувати новими. Однак на практиці це право верховної влади застосовувалося рідко.
Формально до буке належало і самурайство, що було військовим станом, що мали монополію на носіння зброї. При Токугава в самурайству виділився впливовий шар - хатамото (буквально «під прапором). Самураї-хатамото були безпосередніми і найближчими васалами сьогуна і становили головну опору режиму Токугава. Вони займали становище служилої знаті, здійснюючи нагляд за селянами та іншими неповноправними шарами у володіннях Токугава, а також відали збором податків.
Слідом за ними йшла основна маса самураїв, що не підвладних сьогуну, а були васалами удільних князів. Вони не мали землі, а отримували жалування рисом, не несучи ніяких певних обов'язків, лише складаючи постійну свиту своїх сюзеренів-дайме. Матеріальне становище рядових самураїв значно погіршився при режимі Токугава. Основним заняттям феодального дворянства завжди була війна. Кодекс самурайської честі (бусідо) найсуворіше забороняв самураям займатися чим-небудь іншим, крім військової справи. Але в умовах токугавского режиму війна перестала бути повсякденним явищем. Навпаки, уряд ставив своєю метою по можливості уникати зовнішніх воєн і припинити внутрішні феодальні міжусобиці. Реальне практичне застосування самурайські загони князів знаходили лише при придушенні локальних селянських повстань. Таким чином виникало явне протиріччя між традиціями, звичками, мораллю войовничого самурайства і обстановкою відносного внутрішнього світу, усталеного в Японії під владою Токугава. Дайм більше не потребували тому, щоб утримувати численних самураїв. Рисовий пайок не задовольняв їх потреб, його не вистачало на забезпечене життя. Тому самураї нижчих рангів, поряд з ронінами різними способами вишукували собі нові засоби існування. З плином часу уряду довелося вже з тривогою відзначати значне зростання числа бездомних і декласованих самураїв. Майбутня небезпека полягала в тому, що вони збільшували і без того численні ряди незадоволених пануючими порядками.
Щоб запобігти відкритий вибух невдоволення і придушити обурення в початковій стадії Сегунат створив виключно розгалужений і сильний поліцейський апарат, що здійснював нагляд за різними соціальними силами: за селянами та міськими низами (включаючи ронінів); за князями тодзама-дайме; за незадоволеними самураями. Однак ці заходи не могли затримати, тим більше запобігти, криза феодального господарства країни.
