Однією з найважливіших складових внутрішньої політики сьогунату Токугава стало «закриття країни». Причиною послужило широке проникнення європейців, поширення християнства і загроза перетворення Японії в колонію (що вже відбулося за схожим сценарієм на Філіппінах). Ще наприкінці XVI століття величезне обурення японців викликала практика португальських та іспанських місіонерів, які вивозили з Японії людей для продажу їх у рабство.
Проте перший сьогун з династії Токугава Іеясу спочатку не робив рішучих заходів проти європейців. У цей час він був зацікавлений в постачаннях вогнепальної зброї і в організації портів для будівництва великих кораблів. Партнерами тут виступали прибулі в 1600 р. в Японію голандці та англійці. Сьогун надав нідерландській Ост-Індській компанії право торгувати на набагато більш пільгових умовах, ніж іспанцям і португальцям.
Але незабаром Сьогунат став висловлювати незадоволення торговою політикою голландців, що привласнювали собі велику частину доходів від зовнішньої торгівлі. Слідом за тим розкрилася змова іспанців і португальців, спрямована не тільки на вигнання англійців і голландців, а й на фактичне підпорядкування режиму за допомогою прийняття християнства князями південної частини країни - найбільш непримиренних супротивників клану Токугава. Слід зазначити, що південні князі приймали нову релігію майже виключно з комерційних і політичних сепаратистських міркувань. Вони прагнули скористатися вигодами заморської торгівлі, а потім, спираючись на своїх союзників - європейців, що забезпечували їх зброєю, виступити проти сьогунату. Все це спонукало Токугава на проведення каральних кспедицій і оприлюднення указу (1614 р.) про повну заборону християнства.
Токугава Іеміцу, що став сьогуном у 1623 р., ще з більшим завзяттям, ніж його попередник, ополчився проти християн. Апогеєм протистояння стали події в Сімабара (поблизу Нагасакі). Репресії і каральні експедиції урядових військ викликали селянське повстання, справжньою причиною якого були не релігійні переслідування, а феодальний гніт: під приводом викорінення християнського лжевчення сьогунські чиновники творили беззаконня в скореному районі. Під час придушення повстання після тримісячної облоги і падіння їх останнього оплоту - фортеці у Сімабара - було знищено 38 тисяч повстанців-християн. Це стало одним з найбільших масових побиттів християн в історії. Характерно, що голландці, щоб нажити політичний капітал, надали потужну військову підтримку сьогуну.
З придушенням сімабарского повстання сьогунат прийняв остаточне рішення «закрити» Японію для іноземців та ізолювати країну від будь-якого зовнішнього впливу. У 1638 р. Іеміцу видав указ про висилку за межі Японії всіх португальців (іспанці були вислані ще в 1634 р.). Всякий іноземний корабель, який приставав до японських берегів, підлягав негайному знищенню, його екіпаж - смертній карі.
Виняток було зроблено лише для голландців. Їм залишили факторію на невеликому острівці Десіма, де торгівля відбувалася під пильним наглядом урядових чиновників. Купці повинні були давати спеціальне зобов'язання утримуватися від відкритого прояву своїх релігійних переконань і не вступати ні в які стосунки з японцями, крім чисто ділових, докладно регульованих правилами про торгівлю. Що стосується японських громадян, то ще в 1636 р. їм було заборонено під страхом смертної кари залишати свою батьківщину і будувати великі кораблі для далеких плавань. У peзультаті цих заходів відбулося закриття країни для європейців.
Курс на закриття країни від зовнішнього світу до цього часу виявляв свою неспроможність. Соціально-економічна і військова відсталість феодальної Японії не дозволяла їй перешкодити спробам капіталістичних держав силою відкрити двері країни. А ці спроби, які мали форму непроханих візитів європейських і американських військових кораблів у японські порти, ставали все більш частими і настирливими. Постійні коливання токугавського уряду, що свідчили про його слабкість, перешкоджали ухваленню чітких рішень з питань зовнішньої політики. Уряд усвідомлював неможливість продовжувати політику ізоляції Японії від зовнішнього світу. Але він в той же час побоювався, що відмова від цієї політики завдасть новий удар змученому режиму. Перші ж спроби насильницького залучення Японії в орбіту світового ринку прискорили згуртування опозиційних сил. Інтервенція змусила всі суспільні верстви Японії чітко визначити свої політичні позиції, і швидко виявилося, що сьогунат не має достатньо міцної опори.
