У 20-і рр. XIX ст. голландські колонізатори почали впроваджувати на території Індонезії так звану систему «примусових культур», коли насильно вирощували на островах вигідні європейцям сільськогосподарські культури. Цю систему розробив Ван дер Босх, один з видних голландських колоніальних адміністраторів того часу, який виступав за активне застосування рабської праці в сільському господарстві Індонезії. Всім селянам Яви було запропоновано замість сплати земельного податку засівати частину оброблюваних площ зазначеними властями сільськогосподарськими культурами, в основним завезеними з інших районів. У період збору врожаю вся отримана продукція здавалася в державні сховища. До цих культур були віднесені тютюн, індиго, а також цукровий очерет. Там же, на місці, утворювалися підприємства з переробки цих культур, на яких змушені були безкоштовно працювати всі ті ж селяни. Реалізацією виробленої продукції займалося Нідерландське торговельне товариство.
Колоніальні власті намагалися заручитися підтримкою місцевої еліти, якій діставалися частина одержуваного прибутку і інші привілеї. Її представники поступово стали перетворюватися в новий шар землевласників. Селяни ж змушені були задовольнятися дуже скромною винагородою за свою працю. Для більш ефективного використання їх праці в багатьох місцях штучно підтримувалася сільська громада, процес розкладання якої через зазначені вище обставин сповільнився.
Плантації кави і індиго знаходилися далеко від будинків селян, тому вони змушені були місяцями перебувати поза своїми сім’ями, а в цей час їх власні землі, на яких був посаджений рис, гинули без необхідного догляду. По відношенню до робітників плантацій застосовувалися тілесні покарання. Багато працівників голодували і, рятуючись від непосильної праці та знущань, втікали з плантацій.
Система «примусових культур» давала великі прибутки Нідерландському торговому суспільству, а також створювала накопичення фінансових коштів для більш ефективного розвитку капіталістичних відносин в самій метрополії. Ця система викликала обурення багатьох прогресивно мислячих людей того часу, що критикували голландську владу за проведену в Індонезії політику.
Територія Індонезії, за винятком Яви і ряду адміністративно з нею пов'язаних районів, отримала в Голландії назву «Зовнішні володіння» і була розмежована між голландцями та англійцями в 1824 р. Зміцнилася самостійність султанатів Балі і Борнео, правителі яких не тільки контролювали своїх підданих, а й вели боротьбу за розширення власного впливу на сусідні райони Індонезії.
Західне Борнео фактично перебувало у сфері впливу китайських поселенців. Голландці не прагнули підпорядкувати їх своїй безпосередній владі, так як не бачили в цьому великих перспектив. Ситуацією, що склалася вирішили скористатися англійці, які використовували досвід Дж. Брука на території Малайї. У 40-і рр. XIX ст. в даний район стали проникати і США. Все це не могло не стурбувати голландців, які повели активну боротьбу за решту поза їхнім контролем територій Індонезійського архіпелагу. З 1846 по 1860 рр. вони послідовно завоювали Балі і Західне Борнео. Лише Аче на Суматрі до початку 60-х рр. ще зберігало свою незалежність.
З середини 50-х рр. XIX ст. спостерігалися кризові явища в організації системи експлуатації Індонезії з боку Голландії. Почалося скасування системи «примусових культур». З 1870 р. створюються приватні плантації цукрової тростини. Таким чином, значна частина селянства стає приватними власниками. Деякі з вільних земель і земель селян передаються в оренду європейським плантаторам. Починається захоплення селянських земель з боку купців, лихварів і представників колоніальної адміністрації. Значне число селян розоряється. З кінця XIX ст. для потреб плантаційного господарства стали будуватися іригаційні споруди.
У 80-і рр. власниками деяких плантацій і промислових підприємств стали банки, одним з яких було Нідерландське торговельне товариство, котре трансформувалося у фінансову установу.
Паралельно з голландцями, активну економічну політику щодо Індонезії проводять США та Великобританія. Прагнучи компенсувати втрати, голландці вирішили підпорядкувати своїй владі султанат Аче на Суматрі. Почалася боротьба цього султанату за незалежність. Суматранський трактат 1871 року визначив, що Великобританія погодиться на захоплення Голландією території Північної Суматри за умови, що голландці та англійці будуть там мати рівні права. Аче на початку 70-х рр. XIX ст. являло собою слабо централізовану державу. Як привід до війни послужили переговори представників Аче з дипломатами США та Італії в Сінгапурі, в ході яких ачехці просили надати їм допомогу в протистоянні з голландцями. Голландія відправила туди свій експедиційний корпус, і в кінці березня 1873 року почалися військові дії, які отримали в історіографії назву Ачехської війни. Вона тривала аж до 1913 р. і пройшла ряд етапів.
Спочатку голландські війська висадилися поблизу столиці Аче, але зустрівши там шалений опір, змушені були на час відступити. Потім вони знову почали наступ, зломили опір, і на початку 1874 р. Аче був включений до складу голландських колоніальних володінь. Однак ще протягом тривалого періоду місцеве населення чинило опір загарбникам під ісламськими гаслами боротьби з невірними. Один з місцевих вождів Теуку Умар очолив народний опір. Тоді голландці знову застосували свій випробуваний метод – розкол місцевої еліти шляхом її підкупу. У 1899 р. Теуку Умар загинув та після цього опір пішов на спад.
До кінця XIX ст. на території Індонезії існувало близько 300 князівств, які мали формально власну структуру управління, але визнавали над собою верховенство адміністрації Нідерландської Індії, визначали їхній бюджет і зовнішню політику. В цілому Індонезійський архіпелаг був розділений на сфери впливу наступним чином: під контролем Великобританії знаходилися Саравак і Британське Північне Борнео, о. Тимор контролювала Португалія, а Нова Гвінея була розділена між Великобританією і Німеччиною. У 1885 р. територія Північного Борнео (Сабах) була відступлена Іспанією на користь Великобританії. У тому ж році Великобританія і Німеччина поділили між собою Нову Гвінею.
