Голландське і англійське проникнення проходило як би в три етапи: торговий корабель – свого роду мандрівний ринок; факторія – екстериторіальна ділянка на узбережжі; окупована територія.
На початку XVIII ст. в загальних рисах склалася система голландського колоніального управління Індонезією, яка проіснувала аж до закінчення діяльності її Ост-Індської компанії.
Встановивши свою монополію на придбання місцевих товарів та їх наступний перепродаж на ринках інших держав, голландські купці отримували можливість вилучення значних прибутків. Вони суворо стежили за вивезенням
прянощів та їх культивуванням лише на певних підвладних компанії островах. На деяких з них працювали голландські колоністи, під керівництвом яких працювали і місцеві раби. На інших посадки вирубувалися для того, щоб не допустити перевиробництва і зберегти високі ціни на даний товар в Європі. Ділянки для культивування прянощів передавалися співробітникам Ост-Індської компанії, які повинні були здавати зібрану сировину за фіксованими цінами. Ці землі оброблялися місцевими селянами, а також рабами. Голландці також ввели свою монополію на видобуток солі.
Колонізатори в той період ще не втручалися у взаємовідносини місцевого населення, зокрема, еліти і соціальних низів, обмежуючи свій вплив лише сферою економіки. Частина місцевої верхівки приймалася на службу в колоніальну адміністрацію. З їхньою допомогою на островах стали вирощувати нові культури, зокрема, каву, яку потім за низькими цінами скуповували у його безпосередніх виробників.
Головним потенційним конкурентом голландському економічному пануванню на островах виступали етнічні китайці, особливо на Яві. У 20-і рр. XVIII ст. почалося їх насильницьке виселення на Цейлон і в Південну Африку, а решта повинні були одержувати спеціальні дозволи на проживання від колоніальних властей. У 40-і рр. почалося фізичне знищення китайців на Яві. Тоді вони починають створювати свої партизанські загони спільно з місцевим населенням. У деяких місцях повстанцям навіть вдавалося захоплювати у свої руки владу, зокрема, в Матарамі. У 1743 р. між голландцями та правителем Матарами був підписаний договір, за яким в обмін на допомогу у відновленні влади останнього голландці отримували в свої безпосередні володіння значну частину території цієї держави.
У той же час йшла боротьба між Англією і Голландією за панування, в якій остання поступово слабшала. Це не могло не позначитися і на Індонезії. Почалося падіння доходів від продажу прянощів. Прагнучи хоча б частково їх компенсувати, голландці посилили експлуатацію місцевого населення і робили спроби встановити своє безпосереднє управління над Матарамом і Бантама, використовуючи міжусобну боротьбу. Генерал-губернатор фан Імхоф переселяє на Яву велике число голландських колоністів, а в 1749 р. він переконує матарамського правителя «поступитися» своїми володіннями голландській компанії. Це викликало невдоволення у частини місцевої еліти, і незабаром почалася збройна боротьба, в результаті якої два основні претенденти на престол розділили між собою Матарам на два самостійних князівства – Суракарта і Джокьякарта, - котрі визнавали верховну владу голландської Ост-Індської компанії.
В ході четвертої англо-голландської війни (1780-1784 рр.) англійці почали захоплення голландських індонезійських островів. Спочатку ними було захоплено державу Паданг на заході Суматри. Після підписання мирного договору 1784 року англійцям дістався у володіння Нечапатам, а їхні судна отримали право вільного проходу через Індонезійський архіпелаг. Почалося скорочення доходів компанії, яке, зрештою, призвело до припинення її діяльності наприкінці 1799 р. і передачі майна безпосередньо в розпорядження голландської держави.
З 1802 р. Голландія опинилася під французьким протекторатом, а з 1810 р. і зовсім була приєднана до Франції. Наполеон Бонапарт призначив в 1807 р. французького губернатора Індонезії, яким став маршал Дандельс. Саме йому була доручена організація оборони Індонезії від можливого нападу англійських військ. У пошуках фінансових коштів французька адміністрація збільшила практику примусу місцевого населення до вирощування кави і ряду інших культур. У практику увійшов продаж земельних ділянок разом з розташованими на них селянами. Однак в 1811 р. до берегів Індонезії підпливла англійська військова ескадра на чолі з генерал-губернатором Індії Мінто. Фактично без бою їм вдалося захопити Батавію. Голландці змушені були відступити і незабаром підписали капітуляцію. Індонезія таким чином перейшла під контроль Великобританії.
Індонезія в адміністративному відношенні була поділена англійцями на чотири частини – Малакка, Західна Суматра, Молукки і Ява з прилеглими до неї островами, на чолі яких був поставлений свій губернатор.
Найбільш важливою територією, як і раніше залишалася Ява. На цьому острові англійська адміністрація на чолі з губернатором Рафльсом спробувала провести ряд економічних реформ в інтересах англійського капіталу, взявши на озброєння свій індійський досвід. Так, зокрема, ними була в сільському господарстві введена система, що дуже нагадувала райятварі в Індії. Вся земля на Яві була оголошена державною власністю Великобританії, а селяни ставали орендарями, які мали право передавати у спадок оброблювані ними угіддя. Існував податок-рента, що виплачувався у грошовій формі, розмір якої був індивідуальним для кожного орендаря. Була ліквідована монополія на торгівлю, внутрішні мита, заохочувалося створення плантаційних господарств, у тому числі і на території князівств, де місцеві правителі передавали землю в оренду європейським плантаторам разом з селянами.
Індонезія була відкрита для іноземної торгівлі, в тому числі і для американської. Рафльс обмежував на землях, які безпосередньо управлялися англійцями, права місцевої еліти, зокрема, у виконанні ними судових функцій, збору податків і т.д.
Незабаром англійці приєднали до своїх володінь Джокьякарту, де при владі поставили лояльного собі правителя, в 1811 р. – частина території Палембанг, а в 1813 р. – і Бантам.
Голландія стала незалежною державою після розпаду Першої імперії у Франції. Великобританія вирішила повернути їй деякі з колишніх володінь на території Індонезії. Голландський король хотів більшого – повернення всіх раніше загублених територій архіпелагу, але це тоді не входило в плани Великобританії.
У серпні 1814 р. був підписаний англо-голландський договір, згідно з яким Голландії поверталися всі належні їм раніше індонезійські володіння. Але на практиці цей процес тривав протягом п'яти років. Особливо англійці не хотіли повертати Палембанг, який мав для них важливе стратегічне значення в регіоні. Лише побудувавши фортецю Сінгапур, британці дещо заспокоїлися. У 1824 р. між двома країнами був підписаний новий договір про розмежування сфер впливу в Індонезії. Голландці визнали незалежність Аче і особливі інтереси там Великобританії, а у відповідь англійці відмовилися від своїх планів щодо контролю Суматри і ряду інших територій. Голландці зобов'язувалися дати податкові пільги для англійських товарів, що значною мірою забезпечувало економічні інтереси Великобританії. Щоб ефективно протистояти конкуренції з боку Великобританії і США, в 1824 р. голландцями було утворено Нідерландське торговельне товариство, що представляло собою акціонерну компанію, найбільшим пайовиком якої був особисто голландський монарх. Голландці приступили до ліквідації встановленої англійцями системи управління і хотіли повернення колишніх порядків, заснованих на своєму монопольному праві розпорядження усіма справами колонії. Ними була заборонена оренда європейцями земель в князівствах, відновлена колишня система збору податків і т. д. Все це викликало невдоволення як з боку представників місцевої еліти, так і селянства, експлуатація якого, особливо на Яві, посилилася. Все це, зрештою, призвело до одного з найсильніших в колоніальний період виступів місцевого населення.
На чолі незадоволених встав Діпонегоро. Сам він був вихідцем із султанського роду, який був відсторонений від влади в Джокьякарта. Ідеологічною основою повстання стали ідеї ісламу. Скориставшись тою обставиною, що в 1825 р. основні збройні формування голландців знаходилися поза межами Яви, прагнучи підпорядкувати собі Палембанг, прихильники Діпонегоро підняли повстання. У числі незадоволених голландськими колонізаторами виявилися як селяни, так і частина місцевої еліти. Повстанці захопили столицю князівства Джокьякарта, при цьому жорстоко розправившись з іноземцями, в числі яких було багато європейців. Сам Діпонегоро був оголошений новим султаном, і на його бік перейшла частина регулярної армії з числа місцевих жителів. Не зумівши в перші дні придушити повстання, голландці спробували розколоти повстанців, залучаючи на свою сторону частину еліти, що підтримала повстання. В обмін на збереження привілеїв і титулів багато з них перейшли на бік колонізаторів. Крім того, використовуючи всі ті ж релігійні гасла, голландцям вдалося підняти на боротьбу з мусульманами християнське населення ряду островів.
До 1830 р. голландцям вдалося обманним шляхом, під час мирних переговорів, захопити Діпонегоро і потім вислати його на віддалені острови, де він прожив чверть століття, аж до своєї кончини. Після цього голландці придушили останні осередки опору.
