У 1602 р. виникла голландська Ост-Індська компанія, що одержала право монопольної торгівлі і мореплавства від мису Доброї Надії і аж до Магелланової протоки. Компанія мала також право утримувати на цих територіях свої війська, оголошувати війну і укладати мирні договори, будувати фортеці, а також карбувати власну монету. Вона поєднувала в своїй практичній діяльності методи насильства і активної торгівлі, маючи в особі Іспанії та Португалії своїх головних конкурентів у регіоні Південно-Східної Азії.
У 1596 р. на Яву висадилась перша голландська експедиція, а через чотири роки голландці уклали перший договір з правителем острова Амбон про будівництво там факторії і закупівлі прянощів.
У 1609 р. голландцям вдалося витіснити своїх португальських та іспанських конкурентів з Молукки. У 1619 р. вони захопили на Яві Джакарту (Батавию), пізніше перетворивши її в головний адміністративний центр своїх колоніальних володінь в Індонезії.
Англійська Ост-Індська компанія обмежилася створенням факторій на Молуцці, Сулавесі, Яві, Суматрі і Сіамі.
У 1619 р. голландський флот здобув ряд перемог над англійським флотом в Сіамській і Зондській протоках, а в 20-і рр. витіснив їх і з Молукки. Після цього англійці зосередили свою головну увагу на Індії.
На початку XVII ст. голландці запропонували місцевим правителям продавати їм прянощі за вищими цінами, ніж португальцям чи іспанцям. Потім вони, навпаки, прагнули зробити ці ціни максимально низькими. Зв'язки між островами могли підтримуватися лише голландськими суднами або суднами, які мали спеціальний дозвіл від них. На Молукки могли приїжджати лише голландці.
У середині XVII ст. найбільш великим і впливовим на Яві був султанат Матарам, який займав її центральну і східну частини. На чолі цієї держави перебував Сусухунан («той, якому всі підкоряються»), який прагнув поширити власний вплив і на західну частину острова, де в той час розташовувався султанат Бантам. Його розквіт був в першу чергу пов'язаний з тим, що через нього проходили важливі торгові шляхи. В кінці XVI ст. сюди стали проникати голландці, що захопили князівство Джакарта. Проте спроби повного підпорядкування Матарама і Бантами владою голландської Ост-Індської компанії в той період успіху не мали.
У середині XVII ст. на півночі острова Суматра розташовувалося князівство Аче, на сході - Чідорі і Тернате, що потрапили в залежність від європейських колонізаторів. На Целебесе було розташоване князівство Гова. Протиріччя між цими державними утвореннями тонко використовувалися голландцями у власних інтересах. У 1667 р. голландцям вдалося підпорядкувати своїй владі Гову, султан якої Хасан уд-Дін виплатив їм велику контрибуцію.
У 1652 р. голландська Ост-Індська компанія підписала договір з князівством Матарам, за яким його правитель визнавав право голландців на земельні володіння на Яві. Сам Матарам в той момент представляв для Голландії інтерес насамперед як постачальника продовольства для інших її володінь на Яві.
В 1674 р. на території Матарами спалахнуло народне повстання незадоволених політикою місцевого правителя, яке підтримували присутні там пірати.
Голландці розраховували, що правитель Матарами звернеться до них за допомогою, і вони її нададуть в обмін на нові поступки. Після захоплення повстанцями столиці, Сусухунан втік до голландців, а в 1677 р. ними було підписано угоду з голландською Ост-Індської компанією, за якою останній надавалося право необмеженої торгівлі в Матарамі; був зроблений ряд територіальних поступок, надана можливість будівництва судноверфі, військова допомога в обмін на використання портів Матарами (аж до сплати військових витрат голландцям) і т.д.
Після підписання цього договору голландські війська увійшли в Матарам, завдали ряд військових поразок повстанцям і протягом трьох років зуміли повністю придушити опір, відновивши на престолі колишню династію.
Наступним об'єктом голландської колонізації Індонезії стала держава Бантам, яка залишалася в той момент єдиною на Яві, де свій вплив зберігали англійці. У самому Бантамі йшла боротьба між прихильниками орієнтації на Голландію і Великобританію. У 1683 р. перемогу здобули прихильники проголландської орієнтації, і через рік правитель Бантами підписав з голландською Ост-Індською компанією договір, за яким їй надавалися великі привілеї в цій державі. Англійці змушені були покинути Бантам і влаштуватися на заході Суматри. У тому ж 1683 році голландці підпорядкували своїй владі Тернате, придушивши там народне повстання.
Повстання проти голландського панування спалахнули по всій Яві в кінці XVII – початку XVІІI ст., особливо сильними з них були виступи під керівництвом Сурапаті в Матарамі, придушене лише до 1720 року.
