Населення островів Індонезійського архіпелагу налічувало в XVI ст. близько трьох мільйонів чоловік. Народи, що населяли архіпелаг, перебували на різних стадіях розвитку. Народи, які проживали на о. Борнео, в ряді районів о. Суматра, о. Целебесе, знаходилися ще на додержавній стадії розвитку, деякі навіть з елементами матріархату. В інших же районах вже існували державні утворення, особливо на островах Ява і Суматра.
У XIV ст. почалася ісламізація Індонезії за рахунок витіснення буддизму та індуїзму, і вже до XVI ст. на Яві з'явилися князівства, керовані мусульманами, які були сусідами з районами, що сповідали індуїзм, буддизм, а також місцеві язичницькі вірування. З цього ж часу починається європейська колонізація островів Індонезійського архіпелагу, яка зробила істотний вплив на характер його розвитку протягом усього періоду Нового часу.
З островів індонезійського архіпелагу до початку XVI ст. виділялася Ява, територія якої, після розпаду держави Маджапахіт, виявилася поділеною на кілька державних утворень, очолюваних мусульманськими правителями. У цей період активну роль на острові грала Португалія, війська якої в 1511 р. зуміли опанувати Малаккою, що грала ключову роль у торгових зв'язках в регіоні. Там було встановлено пряме португальське колоніальне правління, і Португалія перетворилася, таким чином, в сильного конкурента для індонезійських князівств, а також англійців та іспанців, які мали в цьому районі власні інтереси. Португальці вивозили звідти прянощі, скуповуючи їх за безцінь у місцевого населення, а також займалися нападами на торгові судна інших держав.
Поступово в зоні Зондської протоки виникли нові державні утворення, які об'єдналися в 1568 р. в незалежний султанат Батна. До нього увійшли прилеглі до протоки землі як з боку Яви, так і Суматри. Однойменна столиця цієї держави до кінця XVI ст. перетворилася в один з великих торгових центрів не тільки за мірками Південно-Східної Азії, але і всього азіатського-африканського світу. На одержувані доходи у вигляді податків правителі Батнама зуміли організувати сильну, добре оснащену армію і військовий флот, які могли успішно протистояти португальцям.
Другим великим державним утворенням на території Індонезії в XVI ст. став султанат Аче, що розташовувався в північних районах Суматри. На півдні цього острова знаходився султанат Джохор, правителі якого суперничали з Аче за вплив на острові. Вся друга половина XVI в. пройшла у взаємних чварах між цими державами, що, безсумнівно, було в інтересах Португалії, так як її потенційні суперники послаблювали один одного, приводячи до занепаду власні землі.
У середині XVII ст. найбільшим і найвпливовішим на Яві був султанат Матарам, який займав її центральну і східну частини. На чолі цієї держави перебував сусухунан («той, якому всі підкоряються»), який прагнув поширити власний вплив і на західну частину острова, де в той час розташовувався султанат Бантам. Його розквіт був у першу чергу пов'язаний з важливими торговими шляхами, що проходили повз нього. В кінці XVI ст. сюди стали проникати голландці, які захопили підлегле Бантаму князівство Джакарта. Проте спроби повного підпорядкування Матарама і Бантама влади голландської Ост-Індської компанії в той період успіху не мали.
У середині XVII ст. на півночі острова Суматра розташовувалося князівство Аче, на сході - Тідор і Тернате, що потрапили в залежність від європейських колонізаторів. На Целебесі було розташоване князівство Гован. Протиріччя між цими державними утвореннями тонко використовувалися голландцями у власних інтересах. У 1667 р. голландцям вдалося підпорядкувати своїй владі Гову, султан якої Хасан уд-Дін виплатив їм велику контрибуцію.
У 1652 р. голландська Ост-Індська компанія підписала договір з князівством Матарам, за яким його правитель визнавав право голландців на земельні володіння на Яві. Сам Матарам в той момент становив для Голландії інтерес перш за все в якості постачальника продовольства для інших її володінь на Яві.
В 1674 р. на території Матарама спалахнуло народне повстання незадоволених політикою місцевого правителя, яке підтримували присутні там пірати.
Голландці розраховували, що правитель Матарама звернеться до них за допомогою, і вони її нададуть в обмін на нові поступки. Після захоплення повстанцями столиці Сусухунан біг до голландців, а в 1677 р. ним було підписано угоду з голландською Ост-Індської компанією, згідно з якою останній надавалося право необмеженої торгівлі в Матарамі; був зроблений ряд територіальних поступок, надана можливість будівництва судноверфі, військова допомога в обмін на використання портів Матарама (аж до сплати військових витрат голландцям) і т.д.
Після підписання цього договору голландські війська увійшли в Матарам, нанесли ряд військових поразок повстанцям і протягом трьох років зуміли повністю придушити опір, відновивши на престолі колишню династію.
