З першим поділом Речі Посполитої в 1772 році галицькі землі опинилися в складі Габсбурзької монархії (з 1804 року — Австрійської імперії, з 1867-го — Австро-угорської), а відтак Перемиська, більша частина Львівської (990 парафій), частина Галицької та Кам'янецької єпархій (загалом — 3432 парафії). У 1774 році імператриця Марія Терезія змінила назву Церкви з «унійної» на «греко-католицьку», що зберігається за Церквою й до сьогодні. Греко-католицьких священиків зрівняно у правах з римо-католицькими, а їхні сини отримали право бути представниками урядів на рівні зі шляхтою. Того ж року Марія Терезія заснувала «Барбареум» — першу греко-католицьку духовну семінарію, що розташовувалася у Відні, а 1783 — Генеральну греко-католицьку семінарію у Львові. У 1808 році у Львові створено греко-католицьку Галицьку митрополію. З ініціативи Галицького митрополита Михайла Левицького започатковано процес відродження української церковної та народної мови. «Головна Руська Рада», створена в 1848 у Львові й очолювана єпископом Григорієм Яхимовичем (митрополит Галицький в 1860—1863), висунула австрійському урядові вимогу про автономію для Східної Галичини. У 1868 році деякі греко-католицькі священики виступили засновниками культурно-освітнього товариства «Просвіта», яке ширило українську освіту й національну свідомість в Україні й на поселеннях. Якийсь час значна частина очільників церкви сповідували москвофільство як протест проти політики спольщення в Галичині. У 1793—1795, після другого і третього поділів Речі Посполитої, уся Правобережна Україна за винятком Галичини, опинилася в Російській імперії. Імператриця Катерина II розпочала боротьбу з унійною Київською митрополією, спрямовану на її повне знищення та «поверненню» усіх вірян Російській православній церкві. У 1795 затримано під домашній арешт митрополита Теодосія Ростоцького, звідки він, відокремлений від своєї митрополії, міг контактувати з вірними тільки дипломатичним шляхом. Наступні митрополити призначалися російськими чиновниками і не були визнані Папою Римським. 1839 р. на Синоді в Полоцьку Церкву примушено до об'єднання з Московським патріархатом. Найдовше на теренах імперії греко-католицька церква проіснувала на Холмщині. Холмське єпископство протрималось до 1871, а 1874 Пратулинські мученики стали символом стійкості холмських українців у батьківській вірі. Не кращою була доля в Росії й для православних українців. За висловом історика Дмитра Дорошенка, «До нового XIX ст. український народ перейшов позбавлений не тільки свого автономного устрою, своєї школи, але й своєї національної Церкви. Над його духовним життям залягла темна ніч».
