Хоча Скоропадський і фігурував у планах Мазепи та підтримував ідею автономії України, Петро І погодився на його обрання, бо той був людиною старою й ненаполегливою. Скоропадський фактично не чинив опору реформам Петра I, але й зробити міг небагато. Одразу після його обрання у 1708 р. цар відрядив до Скоропадського свого намісника Ізмайлова та два російських полки, давши їм таємні вказівки заарештувати гетьмана зі старшиною, якщо їхні дії викличуть підозру. Приблизно в цей самий час Петро І підтверджує договір 1654 р., проте у найзагальніших рисах. На прохання Скоропадського підтвердити окремі пункти цар відповів різкою відмовою, сказавши, що "українці й так мають більші вольності, ніж будь-який інший народ на землі". Незабаром стала проводитися політика підпорядкування. Резиденцію гетьмана перенесли з Батурина до Глухова, ближче до російського кордону. Головнокомандуючим козацького війська було поставлено росіянина. На посади управляючих територіями полків призначили чужинців і росіян. Уперше росіяни (й насамперед фаворит царя Олексій Меншиков) отримали на Україні великі землеволодіння. Навіть за видавничою справою здійснювався нагляд, щоб "українські книжки бува не суперечили великоруським виданням".
Експлуатація українських ресурсів мала різноманітні форми. Між 1709 та 1722 рр. Україна повинна була утримувати десять російських полків, розміщених на її території. Десятки тисяч українців посилали на північ працювати на будівництві Ладозького каналу та нової царської столиці Санкт-Петербурга, де у надзвичайно суворих умовах багато з них загинули. У 1719 р. українцям заборонили експортувати зерно безпосередньо на Захід. Натомість вони мали довозити його у російські порти Ригу та Архангельськ, де воно продавалося за встановленими урядом цінами. Нарешті, російським купцям створювалися пільгові умови для продажу в Гетьманщині своїх товарів, у той час як українці мусили сплачувати величезне мито за крам, що везли на північ.
Але найбільшим ударом для українців стало те, що у 1722 р. Малоросійська колегія – урядовий орган Москви, що складався з шести російських урядовців, які постійно перебували на Україні, – дістала право ділити з гетьманом владу. Це вже було занадто навіть для терплячого Скоропадського. Він поїхав до Санкт-Петербурга просити царя переглянути цю справу. Петро І відмовив йому, і невдовзі, повернувшись до Глухова, старий гетьман помер.
