Військово-адміністративний устрій стабілізувався. Територія Лівобережної України поділялася на 10 полків: Гадяцький (з 60-х років). Київський, Кропивнянський, Лубенський (з 1658 р. замість Кропивнянського), Миргородський, Ніжинський, Переяславський, Прилуцький, Стародубський (з 1663 р.) і Чернігівський. Полковник обирався козаками або призначався гетьманом на власний розсуд. До складу полкової старшини входили обозний, писар, суддя, осавул і хорунжий. Полки ділилися на сотні, кількість яких інколи досягала 20. На чолі сотні стояли сотник, писар, осавул і хорунжий. Сотні складалися з куренів, до складу яких уходило населення кількох невеликих сіл чи хуторів. Справами козаків у них займався отаман, а селян — староста.
Аналогічний полково-сотенний адміністративний устрій склався й на Слобідській Україні. Його перенесли на Слобожанщину переселенці з Правобережної та Лівобережної України. Не існувало тільки гетьмана і генеральної старшини. Вища військова влада належала бєлгородському воєводі. Одночасно Слобожанщина підпорядковувалась Розрядному, а з 1688 р. і Посольському приказам. Територія краю поділялася на п'ять полків: Сумський, Охтирський, Харківський, Ізюмський (з 1685 р.) і Острогозький.
Інші українські землі мали дещо відмінний державно-адміністративний устрій. На Правобережній Україні органічно переплітались адміністративні устрої Речі Посполитої та Української козацької держави. Протягом другої половини XVII ст. поміж ними точилася безперервна боротьба. Полково-сотенний адміністративний устрій існував на території до р. Случ, куди стабільно поширювалася влада Української держави. Навіть після входження Правобережжя в 1660 р. до складу Речі Посполитої полково-сотенний поділ на цій території певний час продовжував функціонувати поза волею польського уряду. В цьому виявилася живучість атрибутів української державності, випробуваних у горнилі національно-визвольної боротьби. У різний час на правобережній території діяли Канівський, Корсунський, Білоцерківський, Придністровський (Могилівський), Паволоцький, Брацлавський, Вінницький та інші полки. Вони, в свою чергу, поділялися на сотні. Військово-адміністративні органи мали таку ж саму структуру й виконували такі ж функції, як на Лівобережжі. Водночас Правобережжя продовжувало поділятися на воєводства (Київське, Брацлавське, Подільське і Волинське), староства й повіти. Західноукраїнські землі перебували у складі Руського воєводства.
Устрій Північної Буковини суттєво відрізнявся від устрою інших земель. її територія входила до складу Хотинської райї, яка поділялася на повіти. У складі Молдавського князівства Північна Буковина перебувала під владою Туреччини. Не поширювався український адміністративний устрій на ті південні українські землі, що також перебували у складі Туреччини. Крим і степові простори поміж річками Берда й Дніпром займали Джамбуйлуцька (Перекопська), між Дніпром, Південним Бугом і Дністром — Єдисанська (Очаківська), між Дністром і Дунаєм — Білгородська (Буджацька, Добрудзька), а також Єдичкульська орди. Їхній внутрішній устрій найповніше відповідав способу життя татарського народу. Західні татарські орди перебували у васальній залежності від Кримського ханства.
Внаслідок панування іноземних держав давньоукраїнський адміністративний устрій Закарпаття фактично зник. Після визволення у другій половині XVII ст. з-під гніту Османської імперії Угорщина, а за нею й Закарпаття потрапили в залежність від Австрійської монархії. На Закарпатті запроваджувався загальнодержавний адміністративний устрій. Територія краю поділялася на чотири жупи (комітати) — Березьку, Марамороську, Угочанську та Ужанську — на чолі з жупанами. Жупи складалися з доміній, куди входило кілька
