У 1700 р. помер патріарх Адріан, і Петро I заборонив обирати йому наступника.
25 січня 1721 Петро затвердив "Духовний регламент". Відповідно до нового закону була проведена корінна церковна реформа ліквідувала автономію церкви і повністю підкорила її державі. Патріаршество в Росії було скасовано, а для управління церквою заснований Святійший урядовий Синод. У його віданні були суто церковні справи, він виконував ще й функції духовного суду. Для нагляду за діяльність Синоду Петро призначив з числа близьких йому офіцерів обер-прокурора. Присутність Синоду складалося з вищих церковних ієрархів, що призначаються царем, якому вони складали присягу.
Церковна реформа означала ліквідацію самостійної політичної ролі церкви. Вона перетворювалася в складову частину чиновницько-бюрократичного апарату абсолютистської держави. Паралельно із цим держава підсилила контроль за доходами церкви, значна частина доходів від монастирських володінь надходила із цього часу в загальнодержавну скарбницю. Ці дії Петра І викликали обурення церковної ієрархії і чорного духівництва, і виявилися однією з головних причин їхньої участі у всякого роду реакційних змовах. Петро здійснив церковну реформу, яка виразилася в створенні колегіального управлінні російською церквою
Оголосивши себе, фактично, главою церкви, Петро знищив її автономію. Більше того, він широко використав інститути церкви для проведення поліцейської політики. Піддані, під страхом великих штрафів, були зобов'язані відвідувати церкву і каятися на сповіді священикові у своїх гріхах. Священик, також, відповідно до закону, був зобов'язаний доносити владі про все протизаконне, що стало відомим на сповіді.
Церковна реформа завершила процес підпорядкування церкви світській владі, який почався ще в XVII столітті.
Таким чином, Петро I повністю підпорядкував церкву своїй владі.
