Повстання почалося 17 вересня 1773 року. Перед 80 козаками, присвяченими в "таємницю" порятунку Петра III, був зачитаний маніфест, і загін рушив у дорогу. Маніфест задовольняв сподівання козаків: цар жалував їх рікою, травами, свинцем, порохом, провіантом, платнею. Селянських інтересів цей маніфест ще не враховував. Але й обіцяного було достатньо, щоб на наступний день загін налічував вже 200 чоловік, щогодини в його склад вливалося поповнення. Почалося майже тритижневий тріумфальний хід Пугачова. 5 жовтня 1773 він підійшов до губернського міста Оренбурга – з добре захищеною фортецею з тритисячним гарнізоном. Штурм міста виявився безуспішним, почалася його шестимісячна облога.
Під Оренбург уряд направив військо під командуванням генерал-майора Кара. Однак повстанські війська вщент розбили 1,5-тисячний загін Кара.
У зв'язку з облогою Оренбурга і тривалим стоянням біля стін фортеці військ, чисельність яких в інші місяці досягала 30 тисяч чоловік, перед ватажками руху виникли завдання, яких не знала практика попередніх рухів: необхідно було організувати постачання повстанській армії продовольством і озброєнням, зайнятися комплектуванням полків, протиставити урядової пропаганди популяризацію гасел руху.
У Берді, ставкою "імператора Петра III", розташованої в 5 верстах від блокованого Оренбурга, складається свій придворний етикету, виникає своя гвардія, імператор обзаводиться печаткою з написом "Велика державна друкарня Петра III, імператора і самодержця Всеросійського", у молодої козачки Устини Кузнєцової , на якій одружився Пугачов, з'явилися фрейліни. При ставці створюється орган військової, судової та адміністративної влади - Військова колегія, що відала розподілом майна, вилученого у дворян, чиновників та духовенства, комплектуванням полків, розподілом озброєння.
Проголошення Пугачова імператором, освіта Військової колегії, введення графського гідності, свідчить про нездатність селянства та козацтва змінити старий суспільний лад новим - мова йшла про зміну осіб.
У місяці, коли Пугачов був зайнятий облогою Оренбурга, урядовий табір інтенсивно готувався до боротьби з повстанцями. Спішно стягувалися до району повстання війська, замість відстороненого Кара головнокомандуючим призначено генерал Бібіков. Щоб надихнути дворян і висловити їм свою солідарність, Катерина оголосила себе казанської поміщицею.
Перше велике побоїще пугачовців з каральною армією відбулося 22 березня 1774 під Татищевою фортецею, воно тривало шість годин і закінчилося повною перемогою урядових військ. Але стихія селянської війни така, що втрати були швидко заповнені.
