У період контрреформаціі, заохочувальною Сигізмундом Вазою (1587-1632), всупереч постановам Варшавської конфедерації відбувається поступове обмеження прав некатоликів. Спочатку це було спрямовано проти протестантів у містах.
Православна церква. Берестейська унія(
Православна церква мала власну церковну ієрархію для Литви та українських земель Корони на чолі з Київським митрополитом і дев'ятьма єпископами. Православних єпископів призначав польський монарх, якому вони підкорялися і з судовою точкою зору. В кінці XVI століття, в період контрреформації, з метою утвердження польського панування на Україні король підтримав ідею підпорядкування східної церкви Речі Посполитої папству. На православному синоді в Бресті в 1596 році була підписана унія, в силу якої православна церква Речі Посполитої стала називатися греко-католицькою (уніатською), зберігаючи деякі свої обряди, в тому числі літургію слов'янською мовою і дозвіл на шлюб священикам, але визнаючи верховенство папи, до унії приєдналися, за малими винятками, православні єпископи, які прагнули придбати рівне становище з римо-католиками , що, втім, їм не вдалося, так як римо-католицьких єпископів недопустили їх у сенат. У той же час проти унії виступили широкі маси населення: дрібна українська і білоруська шляхта, козацтво, частина нижчого духовенства, православні монастирі і знаходилися під їх впливом міщани та селяни. Проти унії виступили також деякі магнати, такі, як князь Костянтин Острозький, який став ватажком православного табору. Опір унії на захист традиційної релігії було одночасно формою боротьби за збереження вітчизняної культури і національних особливостей.
