На чолі церковної Ієрархії у Польщі стояли єпископи.Офіційно право королів призначати єпископів було визнано лише папою Сикстом V (1589).
У третьому десятилітті XVI століття в Польщі почала поширюватися реформація, головним чином, у вигляді лютеранства і кальвінізму. Різні стани і верстви населення прагнули використовувати реформацію у власних цілях, вкладаючи в її ідеї різний соціальний зміст. Кальвінізм прийняла частина середньої шляхти і магнатів, які прагнули відняти у католицькій церкві земельні уrодія (вони це здійснили в межах своїх володінь), а також скасування десятини і церковної юрисдикції в світських справах.
Положення прихильників реформації, що називалися тоді дисидентами або іновірцями, незважаючи на фактичну релігійну терпимість довгий час не було врегульовано правом. Репресії були спрямовані проти вийшли з радикального крила кальвінізму «польських братів », що називалися також« арианами ».
Зигмунт Август в 1564 році видав спрямований проти них Парчевський едикт. Коли в 1570 році кальвіністи і лютерани разом з «чеськими братами» (продовжувачами гуситського руху в його помірній формі) скликали спільний з'їзд і виробивши так звану Сандомирську угоду, вони не включили в нього аріан.
Реформація, незважаючи на серйозні успіхи середини XVI століття, виявилася в Польщі (і в Литві) явищем короткочасним, так як вона не мала широкої соціальної бази. Селяни ставилися до реформації неприязно, як до віросповідання шляхти.Польське міщанство у величезній більшості зберегло прихильність католицизму. У період контрреформаціі, заохочувальною Сигізмундом Вазою (1587-1632), всупереч постановам Варшавської конфедерації відбувається поступове обмеження прав некатоликів. Спочатку це було спрямовано проти протестантів у містах.
Православна церква. Берестейська унія. На православному синоді в Бресті в 1596 році була підписана унія, в силу якої православна церква Речі Посполитої стала називатися греко-католицькою (уніатською), зберігаючи деякі свої обряди, в тому числі літургію слов'янською мовою і дозвіл на шлюб священикам, але визнаючи верховенство папи, до унії приєдналися, за малими винятками, православні єпископи, які прагнули придбати рівне становище з римо-католиками , що, втім, їм не вдалося, так як римо-католицьких єпископів недопустили їх у сенат.
