З XII ст. в Балканських країнах набуло поширення богомильство, яке відіграло особливо помітну роль у Боснії. Протягом XII - 1-ї пол. XV ст. воно, не поступаючись католицизму і православ'ю, користуючись (практично завжди) заступництвом верховної влади, виступало як неодмінний атрибут боснійської держави і часом мало статус мало не офіційної релігії. З 1233 за підтримки Риму Угорщина під прапором боротьби з єрессю здійснила декілька «Хрестових походів» проти Боснії, що було викликано прагненням зміцнити не тільки положення католицизму на цих землях, а й угорського впливу. Боснійські правителі декілька разів заявляли Римським папам про бажання відновити істинне богошанування, і бан Матвій Нінослав (1232 - після 1249) на початку правління активно переслідував богомолів, але, усвідомивши загрозу походів для існування країни, виступив проти хрестоносців. Затяжна боротьба католицької Угорщини з богомільским рухом в Боснії, стала однією з головних причин тривалого занепаду регіону та припинення його політичного розвитку. Кінець хрестовим походам на Боснію, хоча їх спроби робилися і пізніше, поклав зовнішній фактор - поява в 1241 р. татарських орд на кордонахУгорщини.
