Перемога в битві поблизу Білої Гори посилила позиції Габсбургів у Центральній Європі. Анти-габсбурзьке повстання чеських протестантських станів започаткувало Тридцятилітню війну (1618-1648), у якій брала участь більшість європейських країн. Вони виступали проти агресивних прагнень австрійських та іспанських Габсбургів.
У ході війни на початку 30-х років Габсбурги майже втратили контроль над чеськими землями, які захопив саксонський курфюрст. У 1631 р. саксонці навіть оволоділи Прагою. По всій Чехії прокотилася хвиля анти-габсбурзьких виступів. У Празі був скликаний Синод протестантської церкви. Шляхта й міщани, які поверталися на батьківщину, повертали своє майно, конфісковане після поразки повстання. Євангелічні священики займали храми й відновлювали відправи. Проте згодом в анти-габсбурзькій коаліції запанував розлад, що сприяло об'єднанню католицького табору. Навесні 1632 р. в ході воєнних дій саксонці зазнали поразки, а чеські землі знову були окуповані.
Вступ шведських військ на територію Чехії в 1639 р. сприяв поширенню анти-габсбурзького руху протестантів. Шведське керівництво звернулося до чеського населення з маніфестом, закликавши його повстати проти Габсбургів. Проте самі шведи поводили себе в Чехії як загарбники: руйнували міста, палили села, грабували та вбивали мирних жителів, вивозили до Швеції чеські культурні цінності.
Фердінанд III (1637-1657), який посів чеський престол після смерті свого батька Фердінанда II, зумів у середині 40-х років вигнати шведів з Чехії та Моравії. Проте влітку 1648 р. вони знову вторгайся на чеську територію, захопивши Прагу (Празький Град і Малу Страну). Та невдовзі шведські війська були змушені залишити місто. Наприкінці вересня вони знову підступили до стін Праги, але цього разу взяти її не змогли. Це була остання битва війни.
Вестфальський мир 1648 р., який завершив Тридцятилітню війну і був укладений без участі чехів, закріпив позиції Габсбургів у цьому регіоні Європи й узаконив феодально-католицькі порядки. Саме в цей період відбулося тик зване повторне закріпачення селян.
