Ще в середині XV ст. словацькі землі перетворилися на арену боротьби між династіями польських Ягеллонів, австрійських Габсбургів та представниками мадярських магнатів, які претендували на трон Угорського королівства
Поразка, завдана мадярському війську османами під Мохачем 29 серпня 1526 p., виявила не лише слабкість Угорського королівства, а й призвела до загибелі угорсько-чеського короля Лайоша II. На звільнений угорський престол претендували династії Ягеллонів і Габсбургів, які згідно з договором від 1515 р. визначали правонаступництво на чеський та угорський трони. В договорі зазначалося, що в разі смерті Владислава Ягеллона трон мав перейти до Габсбургів.
.Прагнення габсбурзьких правителів зміцнити свою владу в "угорських володіннях" зустрічали рішучий опір угорської та чеської шляхти. До того ж, Відню були відомі плани Порти щодо остаточного загарбання всієї Угорщини. Становище населення словацьких земель цього регіону, що стали складовою частиною Габсбурзької монархії, було досить важким. Окрім феодальних повинностей селяни сплачували до імператорської казни великі податки, несли тягар військового постою, потерпали від утисків чиновників тощо.
Унаслідок нескінченних конфліктів, спустошливих воєн і повстань, що не припинялися упродовж XVI—XVII ст., багато районів Словацького краю зазнали небачених руйнувань і збезлюдніли.
Намагаючись повернути втрачені за договором 1547 р. території, Фердінанд І оголосив війну Порті. Однак її наслідки були катастрофічними: після поразки габсбурзької армії в 1551 р. султан приєднав до своїх володінь нові землі.
.Турецька навала, наслідком якої було загарбання великої частини території Угорського королівства, спричинила суттєві зміни в етнічному складі населення словацьких земель
Після переселення до словацьких земель мадяр (шляхти й представників інших станів) міжетнічні конфлікти в містах ще більше загострилися. В суперечках, що виникали з угорцями, словаки здебільшого знаходили підтримку в німецького населення.
Прагнучи повернути втрачені території, імператор Рудольф II (1576—1608 рр.) у 1593 р. розпочав війну проти Османської імперії, яка тривала 15 років.
Напруженість у міжетнічних відносинах започаткувала процес самоідентифікації словаків як окремого народу й сприяла пробудженню їхньої національної самосвідомості, що відіграло велику роль в антиосманській боротьбі.
