Рішенням короля уніатським єпископам були обіцяні місця в сенаті, а все уніатське духівництво звільнялося від податків. Українські шляхтичі, які прийняли унію, отримували право обіймати державні посади нарівні з католиками, а міщани -доступ до участі в міському самоврядуванні.
Усіх православних, котрі не визнали унії, уряд оголосив єретиками. Таким чином, православна церква опинилася поза законом. Почалося переслідування прихильників православ'я.
Насадження уніатської церкви викликало протест у багатьох верствах українського народу - від шляхти і нижчого духовенства до селян і міщанства. Для них православна віра стала символом боротьби проти іноземного поневолення, знаряддям якого був католицизм.
Уніатська церква всі православні храми і монастирі вважала своїми, захоплюючи їх за допомогою поляків. Після тривалої боротьби на сеймах і погроз узятися за зброю православна шляхта домоглася в 1607 р. рішення сейму про повернення православній церкві її «стародавніх прав». Однак, рішення це так і не було реалізовано.
З іншого боку, хоча Річ Посполита і надавала уніатському духівництву певну підтримку в боротьбі проти Української православної церкви, воно так і не отримало обіцяних рівних прав з католицьким духівництвом.
Митрополитами уніатської церкви в цей період були послідовно Михайло Рогоза, Іпатій Потій і Йосиф-Вельямін Рут-ський. Місцем перебування митрополитів (незважаючи на титул «Київський») була столиця Литви Вільно, оскільки до Києва їх не пускали козаки.
У 1620 р. єрусалимський патріарх Фоефан, який прибув до Києва під охороною козаків, таємно висвятив (звів у сан) нових православних митрополита і єпископів. Королівська влада їх не визнавала, однак, поновлення православної церковної ієрархії практично закрило доступ уніатам на територію Наддніпрянської України.Складне становище обох українських церков - і православної, і уніатської - підштовхувало їхніх керівників до пошуків виходу з кризової ситуації. Один із можливих варіантів вирішення церковної проблеми і православні, і уніати вба-чали в об'єднанні і утворенні єдиної незалежної української християнської церкви. Прихильники об'єднання сподівалися отримати могутню єдину церковну організацію, яка змогла б протистояти Польській державі, згуртувати український народ, і, як тоді говорили, «поєднати Русь із Руссю».