Актові матеріали зберігають велику кількість листів турецьких султанів, кримських ханів та інших високопоставлених осіб, в яких вони скаржилися польському уряду на запорожців, намагалися використати походи останніх як підставу для втручання у внутрішні справи Речі Посполитої. У відповідь власті заявляли, що вони не можуть покарати козаків, оскільки запорожці їм не підпорядковувалися. Лише перед реальною загрозою турецької агресії в 1590 р. сейм прийняв постанову «Порядок щодо низовців і України». Вона передбачала, зокрема, вивід «людей свавільних» із Січі й зміцнення там реєстрової залоги представниками шляхти
Наступні події, пов'язані з козацькими повстаннями, перекреслили плани уряду Речі Посполитої. Козацька енергія на Січі, що дедалі зростала, змусила його відмовитися від тиску на запорожців і перейти до пошуків компромісів. За участь у війні проти турків та їхніх васалів козаки висунули свої вимоги: відміну баніції, повернення вольностей, наданих Стефаном Баторієм, заборону старостам кривдити козаків на волості. Початок XVII ст. ознаменувався цілою серією гучних походів на Чорне море під проводом Петра Сагайдачного. Гетьманування останнього збіглося з масовим приходом на Січ покозачених селян та міщан Перехід Молдавії під фактичний протекторат Речі Посполитої та укладення мирної угоди останньої з Туреччиною істотно змінили політичну ситуацію в регіоні.. За участь у козацьких виступах 1591-1596 рр. уряд скасував права і привілеї реєстрових. Поновлювалася також постанова 1590 р. про заборону відходу на Січ із волостей Стурбований спробами валаського воєводи Михайла скинути з молдавського престолу Ієремію Могилу, польський уряд послав до Молдавії коронне військо на чолі зі Станіславом Жолкевським, але цих сил виявилося замало. Тому канцлер Речі Посполитої Ян Замойський доручив Самійлові Кішці набрати на Січі «охочих» козаків і йти на допомогу коронному гетьманові
