Территориальный орган федерального органа исполнительной власти создается для осуществления правоприменительных функций, функций по контролю, надзору и оказанию государственных услуг в установленной сфере деятельности, а также для реализации отдельных установленных законодательными и иными нормативными правовыми актами РФ задач и функций соответствующего федерального органа исполнительной власти. Территориальный орган является государственным органом, находящимся в подчинении соответствующего федерального органа исполнительной власти.
Некоторые территориальные органы федеральных органов исполнительной власти могут осуществлять свою деятельность на территории как одного, так и нескольких субъектов РФ. Таким образом, границы территорий, в рамках которых действуют территориальные органы, могут не совпадать с границами субъектов РФ.
Территориальные органы федеральных органов исполнительной власти входят в единую систему органов исполнительной власти РФ и осуществляют свою деятельность под руководством соответствующих федеральных органов федеральной исполнительной власти. Территориальный орган осуществляет свою деятельность во взаимодействии с другими территориальными органами федеральных органов исполнительной власти. При решении совместных задач территориальный орган обеспечивает необходимое взаимодействие с органами исполнительной власти субъекта РФ, органами местного самоуправления, общественными объединениями и иными организациями.
Таким образом, территориальные органы федеральной исполнительной власти не входят в систему органов исполнительной власти соответствующих субъектов РФ, так как они являются подразделениями федеральных органов государственной власти и непосредственно подчиняются последним. Территориальные органы исполнительной власти взаимодействуют с администрациями соответствующих субъектов РФ.
Основные задачи и функции территориальных органов определяются исходя из задач и функций соответствующих федеральных органов исполнительной власти с учетом конкретных особенностей регионов, в которых они осуществляют свою деятельность.
Указом Президента РФ от 2 июля 2005 г. № 773 «Вопросы взаимодействия и координации деятельности органов исполнительной власти субъектов Российской Федерации и территориальных органов федеральных органов исполнительной власти» высшее должностное лицо субъекта РФ наделено полномочиями по организации взаимодействия и координации деятельности органов исполнительной власти соответствующего субъекта РФ и территориальных органов МВД России, МЧС России, Министерства юстиции РФ, Федеральной службы исполнения наказаний, Федеральной регистрационной службы, Федеральной службы судебных приставов, федеральных министерств и иных федеральных органов исполнительной власти, руководство которыми осуществляет Правительство РФ, федеральных служб и федеральных агентств, подведомственных этим министерствам.