Для предупреждения возникновения и распространения случаев ВБИ в поликлиниках и стационарах, необходимо проведение полного комплекса санитарно-противоэпидемических мероприятий, основным из которых является обеспечение соответствующего дезинфекционно-стерилизационного режима во всех подразделениях.
В идеале следует назначить антимикробный препарат узкого спектра активности, который действует на конкретный микроорганизм, выделенный при микробиологическом исследовании. Однако, на практике внутрибольничная инфекция, особенно в первые дни, практически всегда лечится эмпирически. Выбор оптимальной схемы антимикробной терапии зависит от преобладающей микрофлоры в отделении и спектра её антибиотикорезистентности.
С целью снижения антибиотикорезистентности возбудителей следует практиковать регулярную ротацию антибактериальных препаратов (когда определённые антибиотики, используются в отделении для эмпирической терапии в течение нескольких месяцев, а затем заменяются следующей группой).