Еще на ранних этапах развития биологии мир живых организмов ученые делили на 2 царства – царство растений и царство животных. С открытием микроорганизмов делались попытки распределить их между этими двумя царствами. Основой для определения принадлежности микробов к животным или растительным организмам служили два признака: подвижность и способность к фотосинтезу. Однако, постепенное накопление знаний о микроорганизмах, их чрезвычайное разнообразие сделало затруднительным отнесение некоторых видов к определенному царству, так как они сочетали признаки тех и других клеток или даже существенно отличались от них. Поэтому в 1886 году немецкий ученый Геккель предложил выделить микроорганизмы в третье царство – царство протистов (простейших). В настоящее время благодаря развитию электронной микроскопии царство протистов разделилось на 5 царств в зависимости от структуры их клеточной организации.
При распределении микроорганизмов на группы учитывают следующие их свойства: морфологические (внешний вид (форма и размеры клеток, их взаимное расположение), клеточное строение, способность образовывать споры, особенности размножения, наличие жгутиков); физиологические (тип питания, характер получения энергии, потребность в кислороде, патогенность, отношение к температуре и др.); культуральные (характер роста на питательных средах: форма и размер колоний, их цвет, прозрачность, край, профиль, структура, поверхность и др.); биохимические (различия в путях превращения и синтеза органических веществ).
Таксономия - наука о методах и принципах распределения (классификации) организмов в соответствии с их иерархией. Наиболее часто используют следующие таксономические единицы (таксоны)- штамм, вид, род. Последующие более крупные таксоны- семейство, порядок, класс.
Номенклатура - название микроорганизмов в соответствии с международными правилами.
Все микроорганизмы подразделяются на неклеточные и клеточные формы. К неклеточным формам относятся: прионы, вироиды, вирусы. К клеточным формам относятся домены: прокариоты, эукариоты. К прокариотам относятся бактерии и архебактерии, к эукариотам - грибы и простейшие.
Решением Международного кодекса для бактерий рекомендованы следующие таксономические категории: класс, отдел, порядок, семейство, род, вид. Название вида соответствует бинарной номенклатуре, т.е. состоит из двух слов. Например, возбудитель дифтерии пишется как, возбудитель менингита, возбудитель туберкулеза. Первое слово – название рода и пишется с прописной буквы, второе слово обозначает вид и пишется со строчной буквы.
По Д.Берги: 1) грацимануты - у них тонкая клеточная стенка. Грам отрицательный.
2) фирминуты - толстая клеточная стенка. Грам положительный.
3) тепарикуты - мягкая клеточная стенка.
4) мендозинуты - дефектная клеточная стенка.
Вид - совокупность особей объединённых по близким свойствам, но отличным от других представителей рода.
По форме они делятся на 4: 1) кокки (микрококки - отдельные шаровидные клетки, диплококи - парные, шаровидные клетки, сарацины - группа из 8 и более кокков, стафиликокки - виноградная гроздь, стрептококки - шарообразные клетки в виде цепочки); 2) палочковидная (формы - правильная, неправильная; по концам - закругленные, заостренные, обрезные, с утолщением; вибрионы; рикетани); 3)извитая (спирилла, спирохета, компиллобактерии); ветвящаяся (антиполасцеты).
