В 1892 г. Витте занял пост министра финансов. Важнейшей задачей Витте было поощрение развития отечественной промышленности. Он считал индустрию локомотивом народного хозяйства.
В 1889 г. в своей работе «Национальная экономия и Фридрих Лист» Витте обосновал необходимость создания мощной национальной промышленности, защищенной на первых порах от иностранной конкуренции таможенным барьером. Таможенный тариф ограждал отечественную промышленность от иностранной конкуренции, правительство поощряло частное предпринимательство. В годы экономического кризиса 1900 — 1903 гг. правительство щедро субсидировало и казенные, и частные предприятия. Получает распространение концессионная система, выдача казенных заказов предпринимателям на длительный срок по завышенным расценкам. Все это было хорошим стимулятором отечественной промышленности
С 1895 г. он начал вводить винную монополию, распространявшуюся на очистку спирта и розничную и оптовую торговлю крепкими спиртными напитками. Монополия стала одним из важных источников пополнения госбюджета.
В ходе переговоров с представителями Китая С. Витте добился согласия на постройку в Маньчжурии Китайско-Восточной железной дороги, что значительно сократило сроки сооружения дороги до важнейшего порта России на Дальнем Востоке — Владивостока.
В 1897 г. под руководством Витте была проведена денежная реформа. Россия получила устойчивую валюту, обеспеченную золотом. Это способствовало усилению инвестиционной активности и увеличению притока иностранных капиталов.