Важное значение в ходе расследования по делам о налоговых правонарушениях имеют доказательства, полученные в результате проведения экспертиз.
Кроме уже упоминавшийся технико-криминалистических исследований документов, активно используются почерковедческие экспертизы (для установления исполнителя документа или лица, подписавшего документ); экономические экспертизы (для проведения сложных расчетов, позволяющих сделать вывод о сокрытии объектов налогообложения); судебно-бухгалтерской экспертизы (для оценки, восстановления, данных бухгалтерского учета) и др.